上海市地方志办公室经市编办批准的内部机构设置和直属单位为：秘书处（组织人事处）、方志编纂处、方志编辑部、《上海年鉴》编辑部、上海通志馆、当代上海研究所等处室和单位。

秘书处(组织人事处)	处长：黄海根	副处长：王绍贵
方志编纂处	处长：梅森	副处长：王继杰
方志编辑部	处长：孙刚	副处长：裘晓燕
《上海年鉴》编辑部	主任：田骅
	副主任：黄海根（兼）	林德珍（常务）
上海通志馆	管理部副主任（主持工作）：朱达轩
	培训部副主任：周树安
当代上海研究所	负责人：马学新