字岩，号百之，谱名允绶，浙江镇海人。光绪二十七年(1901年)就读于浔溪公学。后公费赴日本留学。辛亥革命，一度返国参加救护工作。民国5年(1916年)大阪医科大学毕业后回国，任公立上海医院医务长。翌年，在沪开业行医，兼任上海商务印书馆编辑。曾任国民政府卫生部中央卫生委员会委员，内政部卫生专门委员会委员，教育部医学教育委员会顾问，东南医学院校董会副主席，中国医药研究所所长，上海市医师公会第一任会长，《中华医学杂志》主编等职。

余氏结合近代医学考证、查异、诠释中医源流、病名等，研究中医古典文献。民国14年赴日本出席远东热带病学会议，发表《中国结核病历史的研究》报告，提出“瘰疬与肺病同源说”，指出中国唐代《崔氏别录》即有记载，较法国林匿克氏之说早1200余年，引起国际医学界之瞩目。余氏积15年写成《中国古代疾病名候疏义》一书刊行，于中国疾病史之研究颇有价值。

余氏提倡国产药品，治病常用中药，在诊所内开辟化学研究室，研制中药制剂，整理中药方书，著有《国产药物的文献研究》、《研究国药产物刍议》等。民国6年发表《灵素商兑》，主张“废医存药”，引起医学界学术论争。民国18年3月，国民政府卫生部第一届中央卫生委员会通过余云岫等提出的“废止旧医以扫除医事卫生之障碍案”，后因全国中医界强烈反对，不久当局宣布撤销。

新中国成立后，余氏带头报名参加抗美援朝医疗队，以年老未准。1950年在华东卫生行政会议上提出开业医务人员走向集体的建议。1953年组织成立新成区第四联合诊所任所长。曾任上海市人民政府文化教育委员会委员，全国卫生科学研究委员会中医专门委员会委员，卫生部教材编审委员会委员，中国药典编纂委员会特邀委员和中华医学会理事等职。