浙江绍兴人。早年随父学医，17岁在私塾执教，课余深研医著。民国25年(1936年)移居上海，在慈善团体坐堂施诊。抗日战争期间，曾去桂林、昆明行医。抗日战争胜利后定居上海，应聘在中国医学院讲授《金匮》、《伤寒论》等课程。1956年秋，入上海中医学院，历任伤寒温病教研组主任、中医学基础教研组主任、教务处副处长、副院长兼上海市中医文献馆馆长。曾任国务院学位委员会医学评议组成员，全国中医理论整理研究会副主任委员，上海市中医学会常务理事、内科学会主任委员及上海市第五届政协委员。

金氏善治伤寒热症和内科杂病，能博采诸家之长，不拘一格，运用益气升阳法治疗上气不足眩晕诸症有独到经验，1984年上海中医学院编成计算机诊疗程序。著有《温热论新编》、《金匮诠释》、《金寿山医论选集》等书，主编全国高等中医院校第二版教材《温病学讲义》。晚年犹抱病坚持参与全国高等中医院校第四版教材的编审工作。