原名愚，字择明，江苏阜宁人。初读经史，后随父学医，勤读医经，深研仲景学说，18岁应诊，擅伤寒、杂病及中医外科。民国9年(1920年)来沪问学于西医俞凤宾，习外科于德医维都富尔。民国18年与张赞臣合设诊所，共编《世界医报》，以改进中医为夙志。民国21年应聘任中央国医馆名誉理事兼编审委员，并先后在上海中国医学院、中国医学专修馆、苏州国医研究院、上海新中国医学院任教。民国26年又与友人另立上海中医专科学校，任教务长，兼授《伤寒论》、《金匮要略》及外科学等课程。为维护中医的合法权益和地位，曾对限制、消灭中医的言行进行论辩和抗争。

1956年，余氏应聘赴京，先后在卫生部、中医研究院、北京中医学院任职。在中医研究院主持编审工作，参与九种教材的编写与审订。在学术上主张“中医科学化，西医中国化”。尝谓“医分中西，系以国界限之。其实医为仁术，不应有所谓中西医之分，宜取长短补，熔冶一炉，以为人民司命”。临诊善用经方、时方，辨证明确，辨病精审，力治颇有胆识；对患者能不分贫富贵贱，向为同道和患者所称道。著有《伤寒论新义》、《金匮要略新义》、《实用混合外科学总论》、《实用混合外科学各论》、《湿温伤寒病篇》及《斑疹伤寒病篇》共六种，对医界颇具影响。