字仲祜，号畴隐居士，又号济阳破衲，江苏无锡人。少承家教学习旧学。光绪二十一年(1895年)入江阴南菁书院遍读院中藏书。翌年中童子试，补无锡生员。次年应南京乡试未中，再进南菁书院。后就读于苏州东吴大学、上海东文学堂。26岁时久病不愈，遂潜心医学，自学《内经》、金元四医家著作及生理、卫生、解剖、药物等，并师从精通中西医学之名医赵元益，得其传。光绪三十四年(1908年)任上海自新医院院监，后设诊行医。宣统元年(1909年)应两江总督举办之医科考试，获优等内科医士证书，被派往日本考察，遍集日文西医书籍及流散日本之中医古籍珍本。回国后在上海开设医院、疗养院，创办中西医学研究会，主编《中西医学报》。主张中西并举，取长补短，互相贯通，使中医科学化，形成中国之新医学。

丁氏诊病中西两法兼施，既用望、问、闻、切中医传统诊疗方法，兼采理化检验及X线物理诊断技术，投之以中草药治疗，深得病家信任。丁氏崇尚医德，主张“医者应有济世之心，不可产生厌弃心、怠慢心和吝啬心，而要有爱怜心、恭敬心、博施心”。对待病人一视同仁，根据病人的经济情况酌收诊金:病人步行去者收一枚铜元，坐人力车者收四枚铜元，汽车或自备车去者则照例收一元银洋。对贫苦患者诊金及药费全免。先后译述和编著医药书籍160余种，涉及临床各科和基础理论诸方面，《近世内科学丛书》、《丁氏医学丛书》最为畅行。其所译著对研究交流中西医学，加强医界团结颇多贡献，曾获国民政府内务部、南洋劝业会及罗马万国卫生学会等奖状和奖章。丁氏不但精治医学，对数学、诗词、佛学、训诂和古钱等皆深有研究，编辑出版《全汉三国晋南北朝诗》、《清诗话》、《文选类诂》、《尔雅诂林》、《群雅诂林》、《说文解字诂林》、《古钱大辞典》、《佛学大辞典》等书。