别号傲霜轩主，浙江绍兴人。先祖世代业医，祝氏早年随父居四川成都，襄理盐务，暇则习医，从蜀川名医刘雨笙等研读医经。后就读于军医学校。越两年，随日籍教师石田东渡日本学习西医，回国后在成都四川省立官医院任职，颇有医名。民国6年(1917年)移居上海，先后执教于上海中医专门学校及中国医学院，并任新中国医学院研究院院长。民国16年与徐小圃等筹办景和医科大学。民国26年与西医梅卓生、兰纳等合组中西医会诊所。

祝氏学贯中西，擅长内科，喜用附子、麻黄、桂枝等温热药，尤善用附子，屡起沉疴，名盛一时，誉为“祝附子”。祝氏主张吸收西医之长，改进中医，尝谓:“术无中西，真理是尚”。1949年曾授意门人草拟《创设中医实验医院的建议书》，重视中西医合作实践。著有《祝氏医学丛书》包括:《伤寒新义》、《伤寒方解》、《病理发挥》、《诊断提纲》四种。与门人陈苏生等合编有《伤寒质疑》六卷，于1950年刊行。