1986～2001年，南汇县卫生体制改革有序推进。贯彻“总量控制，结构调整”政策，理顺卫生监督和疾病预防体系，推行病人选择医生，医疗机构药品集中采购，镇村卫生机构一体化管理制度；实施人事制度改革，实行全员聘用合同制，录用大专以下毕业生公布岗位、公开招考、择优录用，职称评聘分离、以考代评。卫生行政依法监督管理力度得到增强，医疗服务质量和预防保健水平稳步提高，医学领先学科建设取得实效，城镇职工医疗保障体系和覆盖面不断完善扩大，农村全面推行大病统筹，合作医疗制度巩固发展，基本建立了城镇职工医疗保险和农村合作医疗相结合的新的医疗保障制度，公共卫生服务网络建设不断加强。

        医疗卫生设施和设备不断改善。至2001年底，县镇两级医疗卫生机构房合建筑面积182829平方米，比1985年的9611平方米增加86718平方米，增长90%；业务用房面积120504平方米，比1985年增长36%；2001年全县开放病床共2937张，比1985年的2482张增加455张，增长18%；每千人口拥有床位4.25张，比1985年的3.36张增加0.89张，增长26%；医疗卫生单位万元以上主要设备有18种、266台，比1991年的14种、135台增加4种、131台，分别比1991年增长29%和97%。至2001年，全县共投入卫生事业费28170万元。

        卫生工作成绩显著。全县卫生服务网络进一步健全，卫生服务逐步从医疗服务为主向医疗保健、康复等领域并重的格局转变，卫生综合服务能力明显增强，医疗质量和水平不断提高。2001年全县诊疗病人194.6万人次，比1985年的185万人次增加9.6万人次，比1985年增长5%。爱国卫生工作蓬勃开展，卫生村镇创建、除害防病、农村改水改厕、血吸虫病防治、环境卫生整治、群众健康教育等方面取得较好进展。坚持“预防为主”方针，认真落实各项疾病预防措施，全县甲、乙类传染病发病率逐年下降，2001年比1985年下降68%；各项卫生保健工作也取得新的成效。公共卫生管理坚持“政府领导、行业管理、企业负责、卫生监督、联合执法、综合治理”的大卫生管理原则，卫生监督体系逐步健全，执法力度不断加强，执法力度不断加强，全县公共卫生状况不断改善。医疗科研、医学领先学科、特色专科和学科带头人建设取得实效。至2001年，先后有2批10人进入上海市区县学科带头人培养计划，经考核有4人参加市级竞争。1994年，全县通过初级卫生保健达标评审，2000年，创建成为全国农村中医工作先讲县。