1986～2001年，南汇科技事业迅速发展，全县科技管理机构逐步健全，科技队伍日益壮大，科技投入不断增加，特别是20世纪90年代后，“科教兴县”战略和可持续发展战略的实施，有力地推动了科技事业发展。

        其间，南汇县认真贯彻中共中央制定的经济建设必须依靠科学技术，科学技术工作必须面向经济建设的方针，围绕经济建设中心，大力实施各项科技计划，加快南汇的科技进步、技术创新和科技成果产业化进程，广泛开展科普宣传，切实加强县内外科技合作，有力地推动了经济建设和社会各项事业的发展。

        南汇县科学技术委员会(即县科委)和县科学技术协会(县科协)是南汇县科技管理机构。1998年5月，县科委与县科协合署办公，重新实行“两块牌子、一套班子”，同时建立中共南汇县科技党组。下属单位有科技馆、科技咨询服务中心和科技情报中心。全县还设有7个技术研究和推广机构，拥有各类专业技术人员36062人，其中具有高级职称的881人，中级职称的12181人，初级职称的22990人。

        南汇科技事业发展过程中，产生大量优秀科技成果，涌现一大批科技工作的先进集体和先进个人，1986～2001年获得市(部)级和同家级科技进步奖24项，获得市级和国家级星火科技奖28项，获得上海市农村群众性实用技术成果奖27项，享受政府特殊津贴的科技人员8人，被评为县拔尖人才44人次，被上级有关部门评为科技工作先进集体32个单位，评为先进个人87人。1999年，南汇县被国家科技部评为“全国科技工作先进县”。