1986～2001年，随着改革开放深入和经济快速发展，南汇县教育事业全面发展。

        县、乡(镇)两级管理教育的体制基本形成。1986年5月，南汇县人民政府颁布《关于本县教育工作分级管理职责分工的暂行规定》，明确划分县、乡(镇)两级政府管理教育的权限，实行由县教育局管理直属单位、指导乡(镇)教育教学工作，由乡(镇)政府全面管理本乡(镇)教育事宜，改变了过去由县教育部门垂直领导的局面，加强了乡镇政府对教育的责任，从而动员全社会关心教育事业，为教育事业发展创造了良好的社会基础。特别是1992年邓小平南方谈话发表，1993年中共中央国务院颁布《中国教育改革和发展纲要》，1995年实施《中华人民共和国教育法》，南汇教育在原有基础上进入快速发展阶段。教育投入逐年增加，至2001年达41907万元，是1991年的10倍。

        1986～2001年，对教育的投入力度明显加大，以国家拨款为主，多渠道筹措教育经费。1991年教育总投入4315万元，是1986年的2.2倍。改善教育环境，首先是校舍状况得到显著改善。1986～1994年，完成学校危房改造工程。1995～1998年实施薄弱学校更新工程，使校舍面貌发生深刻变化。1995～2001年，示范校建设工程和中小学校标准化的建设工程，使全县校舍得到了较快改善。至2001年，全县中小学校和幼儿园校舍总面积(不含高等院校)54.96万平方米，学生人均5.9平方米，分别是1985年的3.15倍和1.9倍，校舍质量更非往日可比。学校规模的扩大和设施的改善，克服了1993～1997年中学入学高峰期所带来的困难，为不断满足人民群众对各种教育日益增长的需求提供了物质基础。教学设备得到极大的改善，1986～2001年为添置教学设备共投资金9759.17万元，是1949年～1985年总数的15.4倍。不仅各所学校都有图书室(馆)和必备的实验室，还建起电脑房和网络教室，全县中小学校有电脑3138台，平均每30个学生有1台电脑。教师队伍的结构进一步优化。1991年高中、初中、小学和幼儿园教师的学历达标率分别为73.2%、64.8%、67.1%和46.3%，1995年开始，教师提高学历的进修显著增加。至2001年，连同进入学校工作的高校新毕业生，同类人员的学历达标率分别上升到92.0%、92.6%、98.6%和96.1%，初中教师具有大学本科学历的占38.0%，小学、幼儿园具有大学专科以上学历者占43.2%、29.2%；专任教师中具有高级职称的人数从1991年的38人上升到2001年的205人，含兼课者达283人。教育改革日益深入，1997年，全县中小学实施上海市课程教材改革方案，以知识为本、以教师为中心的教学理念逐渐为以能力为本、以学生的发展为中心的教学理念代替。

        1993年，市政府教育督导室对南汇县普及九年义务教育工作进行评估验收，小学和初中的入学率达100%，巩固率分别达99.9%和98.2%；在“普九”基础上，进入高中阶段的学生从1991年的35.0%上升到2001年的98.4%；基础教育的管理从建立和执行规章制度、督导评估、开展创建“规范校、星级校”活动向根据学校特点开展个性化管理过渡；创建文明单位的活动为学校创造良好的人文环境，1993～2000年，先后有大团中学、惠南镇小学、周浦镇幼儿园和澧溪幼儿园获市级文明单位称号，有南汇中学等18所学校获市农口级文明单位称号；基础教育的质量不断提高，初中三年级学生参加升学考试的合格率从1991年的71.1%上升至2001年的87.0%，高考录取率从1991年的34.6%上升到2001年的63.7%，中小学生达到国家体育锻炼标准及格的人数从1991年的84.3%上升到2000年的90.8%。

        成人教育的发展和完善，全日制高校的诞生和民办教育的发展。成人教育随着社会经济文化的发展，不断扩大教育规模和更新教学内容，县、乡(镇)两级政府加大对成人教育的投入，扩建校舍，添置设备；形成电大南汇分校等县级成人学校、工业局职工培训中心等行业培训中心、乡(镇)成人学校等组成的培训基地，承担扫除剩余文盲、岗位培训、职业培训、成人学历教育等各类任务；1991～2000年，通过业余进修取得大专以上学历证书的有1038人，取得中专和高中学历证书的有9606人，累计培训发证12356人(次)，并举办大量贴近农村发展和帮助农民致富的各种培训项目。

        20世纪90年代末，上海理工大学等全日制大学先后来南汇创建分校，开创南汇全日制高等学校之先河。由于政府鼓励社会办学，1997～2001年，南汇县先后建立民办浦发中学等完全中学2所、民办双翼学校等九年一贯制学校3所和民办(含个人办)幼儿园68所。2001年，全县有中学40所，其中高级中学3所，完全中学9所，初级中学17所，九年一贯制学校11所，在校中学生39746人；中心小学29所，在校小学生43083人；幼儿园80所，在园幼儿14222人。另有中专2所，学生2121人，附设职业班的学校2所，在校生653人，特殊教育学校2所，学生110人；电大分校和教师进修学校各1所，学员4746人；行业培训学校及培训中心10所，乡(镇)成人学校31所，学员21284人。入驻南汇的全日制大学或其分校6所，在校学生11943人。