1986年，南汇县财政局、税务局实行“两块牌子，一套班子”合署办公。1991年6月财税机构分设，成立南汇县税务局。1994年9月，增设上海市南汇县国家税务局。2001年2月，南汇县税务局改为上海市地方税务局南汇分局，与上海市南汇县国家税务局合署办公，由上海市税务局垂直管理。党务工作受中共南汇县委领导。至2001年，局下设办公室、人事科、监察科、宣教科、税政科、稽管科(法制科)、发票科、计会科等7科1室和工会、团委2个群团组织、13个征收管理所、2个查账所、1个稽查中队，实有干部职工430名。

        南汇县税务局围绕“带好队、收好税”的治局宗旨，按照“建一流班子、带一流队伍、创一流业绩”的整体工作目标，坚决服从、服务于改革开放和经济建设这个中心，充分发挥税收的职能作用。

        调查研究，落实计划，组织税收收入。每年年初都要深入到各税务所、重点税源户和部分乡镇骨干企业进行调研，分析研究各乡、镇、局、行的经济运行情况，了解掌握企业生产经营情况和影响税源增减变化的因素，从实际出发，各所、队将税收任务层层分解落实，做到任务到组、责任到人、考核到岗，确保税收计划落到实处。

        坚持依法治税、依率计征，不收过头税。为确保税收任务完成，1998年起建立健全市局、县局、税务所三级重点税源户管理制度，将年纳税额超百万的企业纳入重点税源户，建立局、所两级同重点税源户的日常联系制度，使重点税源户的税收计划落实到位。为加强个人所得税的征管，建立健全个人所得税征管办法，在各级政府机关和各行政事业单位普遍建立个人所得税代扣代缴制度，对有奖销售、福利募捐、发放股息红利等，通过有关主管部门及时取得信息反馈，保证了款税的及时足额入库。为抓好车船使用税特别是自行车、助动车和摩托车等税收的征收，采取增设征收网点、委托企业代征、联合公安交通部门进行道口检查等措施，把涉及千家万户的自行车使用税千方百计征收入库。

        强化税收征管，检查监督，反对偷税漏税。1994年实行新税制，为保障新税制的顺利运行，首先是抓好对内对外业务培训。根据新颁发的税收法律法规，编写具体实施与操作的讲稿，为企业有关人员举办培训班24期，计11307人次。还以专题讲座辅导企业办税人员熟练使用增值税专用发票和正确办理扣税，参加者达11877人次。抓好一般纳税人认定、审核和专用发票供应。依照政策规定，把专用发票供应到户。对涉外税收的征管，切实抓好免、抵、退税政策的落实和出口退税管理，同时开展反避税和审核评税工作，对有避税嫌疑的“三资”企业组织力量定期进行专项检查，建立反避税档案，同时制定《审核评税操作规程》和《审核评税具体操作办法》，运用计算机进行审核评税，提高涉外税收的监控水平。2001年集中力量和时间对全县范围一般纳税人专用发票“两联”进行“地毯式”清查。据1991～2001年不完全统计，通过各类税收专项检查，累计查补税款及罚金3.06亿元。

        关心和帮助企业发展。每年组织力量，对年缴税款100万元以上的税源大户和部分乡镇企业，进行经济效益调研，积极协助企业开展“双增双节”，挖掘内部潜力，降低消耗、降低成本和增产扩销，实现扭亏增盈。按照《上海市财政局、税务局支持改革开放的十项政策措施》，结合南汇实际情况，对新办企业、技改项目、福利企业、星火项目以及经济薄弱的乡、村给予减免税照顾；对“六自主”改革企业、股份合作制企业、“三资”企业、第三产业和康桥开发区等，也落实相应优惠政策和征税办法。积极推动企业技术进步，鼓励企业开发新产品、新品种。1991～1993年，共实施促产项目366项，增加税利6900多万元。积极配合南汇县人民政府“扶强并弱、抓大放小”的战略思路，加大对汽车组装及零部件加工、新型建材、食品加工、精细化工等南汇县四大新兴支柱产业的扶持力度。

        进行税收制度多次改革。1986年9月，将工商所得税改城乡个体、工商业户所得税，新设个人收入调节税。1987年，取消城市房地产税，开征房产税与耕地占用税。1988年，开征城镇土地使用税与私营企业所得税。1989年，开征农林特产税。1991年4月把建筑税改为固定资产投资方向调节税，开征特别消费税。1994年，将原征收的个人所得税、个人收入调节税、城乡个体工商业户所得税并为统一的个人所得税。从4月1日起，流转税的内容主要由增值税、产品税、消费税和营业税组成，统一适用于内资企业和外商投资企业，取消对外商投资企业征收的工商统一税。对一切国有、集体、私营、联营和股份制等内资企业，实行统一的企业所得税，取消只对国有大中型企业征收的调节税和国有小型企业上缴的承包费。

        1986～2001年，税收收入保持稳定增长的良好态势，各项税收收入111.25亿元，连年超额完成市税务局和南汇县人民政府下达的税收计划任务。尤其是2001年税收收入达到18.28亿元，比1986年增长6.6倍，占到全县财政收入的95%以上，1994～1996年，南汇县税务局连续3年被评为上海市财税系统文明税务分局；瓦屑税务所连续7次被评为全国税务系统文明税务所，1997年被国家人事部、国家税务总局命名为全国税务系统“文明服务示范单位”。