1985年，全县有公路241.94公里，到2001年已增为829.22公里，增长242.74%。公路的质量较1985年也有较大提高。1985年，沪南公路是全县唯一的市管准二级公路，车行道宽7米。2001年，全县已有省道3条、市管公路3条、县管公路36条，路基宽度大部分都超过10米。市管公路之一的远东大道，路基宽度达42米。公路建设的快速发展推动了南汇县陆路交通运输业的迅速发展。南汇县的交通运输业进入以陆路运输为主的新的发展时期。

    随着改革开放的深入，乡镇集体、个体和私营交通运输业大量发展。1985年全县从事公路货运的各类货车为1521辆，主要属国营经济，集体经济所占比例很小，无私人的车辆。2001年，全县从事公路货运的各类货车已达7480辆，比1985年增长3.92倍，其中集体经济的车辆6839辆，占91.4%；国营经济仅占7.7%，私有经济占0.8%。随着公路事业的发展，水路运输有所削弱，但仍是南汇县货运的一个重要方面，2001年全县仍有4条市郊航道、26条县内航道，航程284公里。1985年，南汇县有运输船只582艘，年运输量为198万吨。2001年，全县运输船只减为105艘，是1985年的18%，年运输量98.96万吨，是1985年的49.9%。

    南汇县交通运输原来实行的“统一计划，统一调度，统一结算”高度集中的管理体制已被打破，交通、运输管理机构也有调整。1989年，南汇县交通运输管理所实行水陆分离，分别建立南汇县陆上运输管理所和南汇县航运管理所。1991年，在南汇县养路费征收站的基础上成立南汇县公路路政管理站，1998年更名为上海市南汇县公路路政管理中队。在新机构的建设中，原运输管理部门的职能逐渐地由业务管理为主变为行业管理为主。