1987年5月，南汇县土地管理局(简称县土地局)、南汇县土地管理所建立。县土地局下属仅一个所，局、所两块牌子一套班子，负责对全县的土地管理和监察。翌年，设立南汇县征地事务所(1997年更名为南汇县建设用地事务所)后，局、所机构开始分设。1989年各乡镇相继成立土地管理分所。1994年，建立南汇县地产管理所。1996年和1997年，与县房产局联合先后成立南汇县房地产登记处和南汇县房地产估价二所。以后，房地产间的关系更趋密切，为了理顺全县房地管理体制，2000年6月，县土地局和县房产局正式合并，成立县房屋土地管理局。

    1987～2001年，县土地局在不断加强《中华人民共和国土地管理法》宣传和全面清理全县解放以后各项非建设用地的基础上，建立建设用地审批管理制度，严格用地管理，并对违法用地加大执法和监督力度，积极规范培育土地市场，开展土地普查、登记发证和建立地籍档案，先后完成1991年～2000年、1996～2010年南汇县土地利用总体规划的修编工作，从而使南汇县的土地管理开始走上法制化、规范化轨道。