1986～2001年，南汇县人民政府加大水利建设的投资，使南汇水利建设事业取得较大发展。全县兴筑八五塘、九四塘、世纪塘3条海塘，总长度为57.48公里；完成护塘工程89处，海塘达标工程和堤顶保护工程7.9公里；海塘绿化植树面积276.9公顷。完成种植芦苇、互花米草等生物促淤工程8399公顷，工程促淤筑堤42075米；围垦土地3215公顷。新开挖河道2条，计17.2公里；疏浚河道1528条段，总长度为1765.6公里，土方3374.58万立方米。增建喷灌站28座，滴灌站3座。据2001年统计，全县县、市级河道32条，镇级河266条，涵闸14座，翻水站2座，年平均翻水量3176.11万立方米，电灌站551座，拥有设备904台套，动力12846.5千瓦，灌溉面积27720公顷。有地下渠道3094.3公里，明渠57.7公里。建有县级水文站1个，测站11个。

    1986年后，建立健全南汇县防汛指挥部及办公室，南汇县大治河管理委员会及办公室，南汇县水政管理所，南汇县河道管理所，南汇县海塘管理所，大治河东水闸管理所等水利管理机构，自上而下形成管理网络。

    根据《中华人民共和国水法》、《上海市滩涂管理条例》、《上海市河道管理条例》、《上海市海塘管理办法》等水法规的精神，结合南汇县实际，从80年代开始，南汇县人民政府先后制定下发《关于加强水利工程设施管理的布告》、《南汇县大治河水资源保护暂行规定》、《南汇县河道管理办法》、《南汇县占用河道堤防等水工程设施和水域功能补偿暂行办法》等一系列文件，使全县水政管理法制化、规范化。