1986～2001年，南汇县人民法院依据宪法和法律的规定，充分发挥审判职能。在刑事审判方面，结合南汇特点和社会经济发展的需要，严肃执法，正确量刑，有力地遏制了重大社会治安犯罪的势头。在民事审判方面，正确处理各类社会矛盾和纠纷，确保一方平安，保护了公民、法人的合法权益。在经济审判方面，从维护改革开放和社会主义市场经济健康发展的大局出发，审理了大批案件，特别是一批新形势下的新类型案件。在行政审判方面，既保护了公民、法人和其他组织的合法权益，又注意监督和支持行政机关依法行政。

    其间，南汇县人民法院注重队伍建设，重视干警队伍的政治思想、职业道德教育，从严治院，常抓不懈。同时，积极推进人事制度改革，实行聘任制、选任制、竞任制，提高队伍的政治思想素质、业务素质和工作效率。2001年，有在编人员195人，其中被评定不同等级的法官118名，授予警衔的法警10人，具有法律大专以上学历的占71%。1986～2001年，县人民法院多次获得市、县记功奖励，并被授予全国档案优秀集体称号，有302人次干警获得全国、市、县的先进称号。

    南汇县人民法院的机构设置日趋健全。至2001年底，设有审判委员会、刑事审判庭、民事审判庭、经济审判庭、行政审判庭、立案庭、审判监督庭和执行庭，同时在惠南等镇设立5个人民法庭。法院的办公场所得到改善，1993年南汇县人民法院从惠南镇向阳路原址迁至惠南镇城西路现址，有建筑面积5419平方米。南汇县人民法院的技术设施装备有了较大改善，确保了各项业务的正常开展。