1986年后，南汇县人民检察院认真履行法律监督职责，全面开展各项检察业务。在审查批捕和审查起诉等环节上稳、准、狠地打击各类刑事犯罪；积极查处贪污、贿赂等严重经济犯罪和侵犯公民民主权利和人身权利案件；对法院的审判活动、诉讼活动以及看守所、监狱依法实施监督；认真接待人民群众来信来访、受理控告、申诉和举报，保证了宪法和法律的实施，保护社会稳定，促进经济建设和各项事业发展。

    随着国家社会主义法制的不断完善，南汇县人民检察院的内设机构日益健全。1986年，检察院内部机构设置为7科1室及派驻检察组1个。此后逐年调整增加，至2001年，设置为1局、1处、9科、3室：即反贪污贿赂工作局、政治处、行政装备科、刑事技术科、审查批捕科、审查起诉科、未成年人刑事案件检察科、预防职务犯罪检察利.、渎职侵权检察科、控告申诉检察科、民事行政检察科、办公室、法律政策研究室、驻周浦监狱检察室。其间，办公处所和技术装备也不断改善。

    南汇县人民检察院认真贯彻《中华人民共和国检察官法》，全面加强队伍建设，深入开展教育培训、学历培训、岗位培训，推进和深化干部人事制度改革，建立长效管理机制，评定检察官等级和授予司法警察警衔，开展争先创优和创建文明单位活动，提高全体干警总体素质。全院在编人数从1986年的78名增加至2001年的117名。其中，大专以上学历人数从1986年的7名增加到2001年的88名，占总人数的75.2%；有100余名干警取得计算机初级和办公自动化考试的合格证书。至2001年，全院有高级检察官20人、一级至四级检察官63人，8名法警被授予不同等级的警督、警司警衔。2000年，南汇县人民检察院被上海市人民检察院确认为“五好检察院”。