1986年，南汇县仍是上海市所属的县一级建制。至200 1年8月上海市第十一届人大常委会第十三次会议审议并通过撤销南汇县建立南汇区的决定，南汇县不复存在。1986年至2001年8月期间，由于自然和社会经济不断发展等因素的影响，境域、行政区划、人口等都有所变化。1985年，南汇县下辖4镇26个乡、347个村、39个居委、3753个生产队和609个居民小组，经多次调整，到2001年，全县辖有24个镇、339个村、63个居委、3659个村民小组、1451个居民小组。2001年1月，经国务院批准撤县建区，2001年10月12日南汇举行撤县建区揭牌仪式。