本县是上海市与外省市往来的重要水运枢纽。解放前，河道失治，淤塞严重，全县仅有14条航道，通航里程101公里，最大通航能力仅30吨级船只。解放后，50年代中期，县航运管理所先后实地测量48条航线，整治航线61条。1964年11月起，航道养护以维护为主，逐步改善，尔后实行以航养航，航道管理工作日趋正常。1979年全县有县管干线航道(不包括市管航道)28条，通航里程176.9公里，能通行60吨级船舶。1988年4月《上海市内河航道管辖范围表》记载，1985年底，青浦全县有市、县管辖范围的航道28条，通航里程256.57公里(见表12-6)。其中：市管航道5条，里程97.07公里，能通行100吨级以上船舶；县管航道23条，比1979年减少鱼池浜、干练河、艾祁港、城西河、北庄河、练蒸河、凤溪塘等7条，增加东荡港、泖洋港2条航道，通航里程159.5公里。较多的村港市河可供农船行驶。

市管航道的规划等级为4—6级，其中，申苏外港线(由急水港经淀山湖入拦路港、泖河通黄浦江)属4级航道。苏州河自江苏省界(三江口)起至上海市区为5—6级。淀浦河自淀山湖进西闸后，过青浦镇、赵巷乡，向东经松江、上海两县直泻黄浦江，为6级，是本县通往黄浦江的最近航道。县管航道分主航道6条，一般航道17条，除太浦河属4级外其余均为7—8级航道。太浦河县境内通航3公里，可航行100吨级以上船舶。

解放前，境内航道无航标座灯设置，夜间航行淀山湖，只靠关王庙悬挂的1盏油灯。1954年在关王庙出口处设立指示塔和第一只闪光航标灯。1960年在开河、小莲湖、淀山庄北岸及金泽出口大葑漾西南岸4处设立白光周期6—8秒航标灯各1盏。小莲湖航道两边浅滩处(距航道15米)设红色浮标牌2处(不发光)。1964年5月浮标经整修后恢复发光，射程达4—5公里。1979年后全面整顿干线航标。至1985年，全县有完好灯标29座，其中朱金线7座，申苏外港线县境内有10座，淀山湖11座，淀浦河西口1座。