县境内港口以急水港、白石肌港、大硃砂港、汪洋港为进水港口，约占总进水量的85%。拦路港、淀浦河为出水港口，其中拦路港排水量约占71％。在大潮汛期间，拦路港也有海潮倒灌发生。

据光绪刊《青浦县志》载：“拦路长十八里，界大小莲湖之间，北接薛淀，南通泖湖……水势宽深，惟泖口近起沙……”今拦路港，北起关王庙，南至青枫公路东方红大桥与泖河相接，长8.7公里，底宽10米，可通航200—300吨级船只。又载：“急水长二十余里，阔处至三十丈，西接吴江白蚬江，乃东江（注：东江，一名上江，亦自太湖分流，经浙江嘉兴府境，至海盐县乍浦入于海，今已湮塞。）之上流也。”“硃砂港西北承元和、昆山诸水入湖，水迅与急水港等。按今硃砂大小二港，大硃砂港北属昆山，南属县境。”

解放后，政府对港口疏浚治理，一般港口可通航10—30吨农船，主要港口可通航60—300吨级船舶，淀山湖仍是上海与苏、浙航运的要道。