青浦河港属黄浦江水系，正常水位为2.6米，亦受潮汐影响。同时太湖流域东排涝水，由吴淞江、急水港、太浦河、红旗塘等流经县境，泄入黄浦江，东流入海。由于地形关系，东部河流多南北走向，如崧塘(新通波塘)、通波塘、崧泽塘、东大盈、赵屯浦(西大盈)等。东西走向的有吴淞江、淀浦河。西部河流多东西走向，如急水港、拦路港、大蒸塘等。淀山湖、鼋荡等湖荡，是接纳潮水和调蓄上游客水的理想水库。