基督教于1891年(清光绪十七年)传入本县。因传入时间晚于天主教，故初时影响很小，居民很少信奉。该教有监理会、使徒信心会、基督复临安息日会和基础浸礼会等4个教派，教徒主要分布于海桥、三星、合作、庙镇、城桥、港西、港东、新河等地。解放初，全县约有教徒500人，设教堂2所，布道点5个。

1922年，牧师俞世竹(又名俞志斋)受美国基督教监理会上海教区委派来崇，在城内北街祝家宅租屋布道。1923年，上海教区华东年议会出资在城内西街12号建堂一所，名崇道堂，初时星期日来堂做礼拜的教徒有20—30人。1957年，牧师张道生调浙江后，城内教事停顿。1958年，教堂房产由政府出租给县建筑公司。

1939年，蛸蜞镇的使徒信心会信徒施伯谟妻由沪返崇，在镇上租屋布道，开始信奉者不多，1947年，农民吴大户率众捣毁教堂，活动中止。不久，教徒黄希明、吴凤翔、盛元度(盛嗣君)等相继在蛸蜞镇、协兴镇、坝头镇布道，至解放前夕，教徒发展到230余人。1958年春，有布道点4个、教徒800余人(含募道友)。1958年后活动停止。

1937年，江浙教区派基督复临安息日会牧师孙福吾来崇布道。稍后，上海教牧人员米师母、邬天恩、范桂师等人在桥镇东河沿后面泥山上露天布道两月，不久，教徒增多，便在东河沿郁家宅建堂。堂址先后迁建于桥镇川心街、城内北街张家宅、桥镇沈国子弄及掘头街陆家宅等处。相继来堂传教的有叶同欣、蔡瑞麟等，信徒近百人。1951年，该会再度迁堂至沈国子弄，由蔡负责传教。每逢星期六，有信徒140余人做礼拜。50年代末，活动停止。

1941年，上海基础浸礼会李师母在新河镇租屋布道。数年后，美国牧师谭乃松来新河镇举行浸礼活动，参加信徒30—40人。1953年，全县有教徒80余人，大多为新河镇人。

1950年，本县基督教开展自治、自养、自传的“三自”革新运动。1958年，仅有的一名传道蔡瑞麟参加商业工作，宗教活动处于分散状态。“文化大革命”中教事完全停止。1981年，县建设局调拨桥镇酱园弄5号民宅，经修葺后作为教堂，由蔡瑞麟、沈家元传道。另在庙镇公社信徒陆惠斌家、三星公社信徒徐永昌家、港西公社信徒姜正元家各设一个活动点。1984年，全县约有教徒1600人(包括募道友)。宗教活动由基督教崇明县“三自”爱国运动委员会筹备组领导，上海陆家浜清心堂牧师定期来崇布道，施行洗礼。