该所建于1960年4月，所址和实验基地在城桥农中和城桥大队第5生产队。设农艺、园艺、植保、畜牧兽医4个专业组。县长兼任所长。所内有专职科技人员和行政人员共10名。主要承担作物品种改良、栽培、植保技术的研究推广和协助各公社、农场科研推广活动的任务。曾在城内孙家楼创办食用菌种厂。1961年9月，该所迁侯家镇，辟耕地86亩，时有职工25名，其中科技人员7名。

1963年4月，该所易名为县农业试验场，主要承担市县下达的科研课题。同年8月，改为上海市农科院崇明地区试验站，承担市农科院下达的以杂粮为重点课题的试验。其业务受市农科院领导，经费也由该院拨给，党政领导属县委。该站有耕地104亩，职工34名，其中科技人员9名。1970年1月试验站并入县良种场。

1976年4月，在良种场内重建农科所，有耕地60亩，职工34名，其中科技人员4名，为县级机构。1979年该所迁址于侯家镇，主要承担推广培育新品种、高产田试验示范、研究总结栽培技术、普及农业科学知识和完成市、县下达的科研推广项目等任务。1979年7月，划归县农业局领导。1982年，该所研究的水稻真空泵去雄自然授粉技术获市级科技成果奖。1960年至1984年，共完成试验课题229个，其中22个项目获市、县科技成果奖。1984年，农业局所属技术站、植保站、土肥站、农校与县农科所合并成立县农业技术推广中心，隶属县农业局。