该校原名崇明县立中学，创建于1915年，是本县最早的一所4年制中学，校址原在儒学署。建校初招初一新生62名。1917年夏，县款产处拨款添建校舍。1924年改为3年制初级中学。1927年夏，与县立师范学校、女子师范学校、尚志女中、商业学校合并，改名县立初级中学，附设1年制师范班及实验小学，分男女两部。1938年崇明沦陷后，侵崇日军强占校舍作军营，学校迁至旧试院，改为上海市第三中学。1942年添办高中。抗战胜利后，复名崇明县立中学。解放前夕，全校有初、高中10班，学生576名，教职工35名。自创办至解放时，该校共毕业初中生3000名、高中生200名左右。

1949年夏，该校定名为苏北崇明中学。1952年，改名江苏省崇明中学，在今北门路东首另建校舍。1959年改名为上海市崇明中学，为市重点中学。1978年定为县重点中学。1984年，设30个班，有学生1313名。其中初中12班，学生541名；高中18班，学生772名。全校有教职工147名，其中教师108名。该校占地128.35亩，建筑面积18843平方米。有化学、物理、生物、语音、计算机等10个实验室，藏书75500册，并有STQ书写投影仪、3/4吋5630录像机，Ｆ164Ａ型电影放映机、电子计算机等教学设备。

解放以来，该校共毕业学生19032名，其中初中学生11505名，高中学生7527名。学生高考录取率1950年到1959年平均为90％，1960年到1965年为66.1％，1982年为84％。1984年为89％。

该校的学科兴趣小组活动颇有成绩。1981年曾获上海市中学生鲁迅读书团体奖。1983年，高二学生韩玮获全国数学竞赛上海赛区第九名，高二学生谢霄峰获京、津、沪地学知识竞赛二等奖。1979年，该校被评为上海市教育战线先进集体。校体锻代表队从1979年起，连续三年获上海市三好杯田径运动会男子甲组冠军。1982年至1984年，又先后被评为上海市体育先进集体、上海市全国体育锻炼标准先进学校、上海市文明学校、上海市“五讲四美三热爱”先进集体、上海市文明单位和上海市植树绿化先进单位。