本县运输市场管理始于50年代初，以统一运输计划、统一调度运输工具、统一运输价格为主要内容，以水上货运为重点。水运由航运管理所，陆运由公路管理段主管。1964年，建立县运输营业所(交通运输管理所前身)，在主要港口和集镇设营业站。物资托运单位按月编报运输计划，由市、县统一平衡安排。计划外运输，视其缓急程度酌情安排。各项运杂费用均统一计收，船舶单位或船员个人均不得自行承接运输业务和计收运杂费用。1971年，成立崇明县联合运输指挥部，原运输营业所改为联运办公室。1976年起，社、队企事业单位出口物资及农副产品运输计划，由各公社运输站受理上报平衡，社、队船舶由各公社运输站自行调度。1978年5月，联运办公室改为县交通运输管理所。1983年为搞活运输市场，允许运力有余的单位和个体、联户船舶参加货物运输，个别航线的运价允许浮动。各乡物资运输由各乡自行安排船舶解决。