1949年7月，本县建立苏北航务局崇明办事处，负责管理全县航政和水上运输业务。1954年4月，改为崇明县人民政府航运管理所。1956年9月，又改称为南通航运管理局崇明管理所。1961年12月，恢复崇明县航运管理所，隶属县交通局。本县航政管理分签证管理、船员管理、船舶管理、安全管理、航道管理5种。

1950年9月，本县实行船舶进出口签证管理。1962年8月5日起，实行县境签证制度，南门、堡镇、新开河，向化设航运管理站，派员办理航行长江船舶签证。同时在16个公社运输站设内河航行船舶签证处。1966年9月规定，在县内航行的船舶可免办签证手续。1968年8月撤销内河签证制度。1984年，在新建港、鸽龙港、三沙洪、南门港、东平河、新河港、堡镇新港、六滧港、奚家港、北堡港设航运管理站，办理船舶进出口签证。

1952年，本县根据《华东内河木帆船检查丈量、登记给证暂行实施细则》，对从事运输的船舶进行检验丈量，核定载重吨位，发给航行证书。年内检验船舶248艘、计3236吨。以后每年定期检验，新造和改装机动船舶均须报航运管理所审批。1983年6月，本县设船舶检验所，加强对船舶的技术监督和船舶检验。1984年，检验船舶1680艘、计50456吨。

1960年前，本县水上安全管理工作由航运单位负责。1961年，县交通局批转县航运管理所关于《大风期间对长江船舶签证管理规定》，并按船核定，发给证书。1963年，县工业交通局制订《机动船安全技术管理有关几项规定》，并在各通航港口、丁坝设置航标灯。交通部门对港口、码头船舶安全设施每年检查2次，每季抽查1次。

1963年4月起，本县分期分批举办木帆船驾长训练班，学员经考试及格发给结业证书。1972年起，小机和小轮机驾人员也须经学习考试合格获证书后方可驾船航行。至1984年，经考试合格，有594人取得200吨级以下小轮驾驶证书，622人取得小轮机司证书，1773人取得小机驾驶证书，1501人取得小机机司证书。

本县内河航道实行市、县分级管理。1966年9月，上海市内河航运管理处将南横引河、南北建闸通航闸河和南横引河至通航水闸出口处的航道，定为市管航道，由县航运管理所管理。内河航道浅段和航道中沉物，由县航运管理所负责疏浚，所需技术力量和挖泥工具由上海市疏浚队挖泥船队支援。