解放初，全县有运输船434艘、总吨位为4950吨；运输兼捕鱼船75艘，吨位为797吨。1956年，部分分散经营的运输船组织起来，成立木船运输合作社，入社船242艘，计3760吨，形成了本县专业水上货运队伍。1960年，成立地方国营崇明县航运公司，时有木质机动船和木驳共23艘、计673吨。60年代专业运输船舶进行更新改造，提高吨位，增加运力。1966年，船舶增至206艘、总吨位为4976吨，年运量47.6万吨，占全县总运量的34.2％。70年代，本县专业运输力量发展较快，添置了60吨级、110吨级、150吨级钢质机动船和130吨级、200吨级钢丝网水泥机动船，木帆船全部改为机动，能航行至长江中下游各港埠。1979年共有船舶176艘、计10032吨，年运量119.3万吨，占全县总运量的30.45％。80年代，航运公司自造的220吨级、300吨级和400吨级钢质机动船相继投入营运，并购置海轮，开辟了海运航线。至1984年，全县有专业运输船142艘、总吨位为12105吨，年运量为144.8万吨。