南门港位于县城南门外，1896年(清光绪二十二年)始通航客轮。1907年(清光绪三十三年)至1938年，该港先后设置朝阳轮埠、大运轮埠和南阳轮埠。1932年，崇明轮船公司和永裕轮船公司合资改造大运轮埠，并改名为天运轮埠。1938年和1941年，朝阳轮埠和南阳轮埠先后拆除。1944年，天运轮埠的趸船毁于风灾。1946年1月，惠崇轮船公司修复轮埠栈桥和趸船，改名为惠崇轮埠。上述轮埠栈桥简陋，趸船狭小，无候船室。

1949年6月县政府接管轮埠后，组织专人打捞趸船，修复栈桥。9月，崇安路东侧南门码头恢复为客货两用码头。1953年码头渐淤浅，小汛时客轮改泊崇安路口海军码头。1954年，驻崇部队将海军码头移交长江航运局上海办事处管理。翌年，建造一座建筑面积为257平方米，可供400余人使用的砖木结构候船室。1960年该码头淤浅，拨款60万元，在南门港东侧海塘另建钢筋混凝土结构的客货两用码头和370平方米的候船室1座，可供500余人候船。1972年，该码头改建为货运码头，拨款17万元，在货运码头东侧另建客运码头。跑道为钢筋混凝土结构，长112米，宽6米；趸船为钢质结构，长60米，宽10米，可供双体客轮靠泊。1982年，在码头跑道入口处西侧建造临时候船室1座，并铺筑停车场地。该码头年客运吞吐能力为300万人次至400万人次。

南门港原有简易货运码头，在县城西南角南门港内，1957年并港建闸时堵坝封闭。1959年在崇安路口西侧建造简易码头1座，1966年报废。同年在南门港建造干砌立坡石码头1座，长100米，可供4艘百吨级船舶候潮停靠。

1972年拨款48万元，在原南门客货运码头西侧建造海岸固定式钢筋混凝土结构货运码头1座，长64米，宽12米，两端各有跑道一条，可供干吨级货驳和海轮靠泊。1979年，在南门内港和外港码头建立港区，铺筑货场1.24万平方米，配置起重吊车20台、皮带输送机27台和其他机械设备，年货物吞吐能力为200万至250万吨。

原南门港观海楼码头