杨家湾深水潭位于南门港码头西870米，施翘河东4号坝坝头附近江中。1661年，该潭东西长80米、南北宽20米，深度－50米。此后，潭的范围时大时小。1968年东西长800米，南北宽120米，深度－52.55米。
1969年初，本县向市革命委员会和市农业局三次书面紧急报告，要求拔款抢修施翅河地区海塘，以防止深潭范围继续扩大。同年5月获准。县革会即成立杨家湾深水潭工程现场指挥部，县农业机械水利局负责工程施工。为方便施工，建临时码头1座。
整治深水潭工程于1969年6月开工。至12月，共做土方29000立方米、混凝土5442.4立方米，修建丁坝2道，坝总长84米，耗用废水泥块5660吨、块石2416吨、石子3293吨、黄砂1837吨、水泥506吨、木材62.1立方米、钢材6263公斤，动用工日21946个，耗资414112.23元。
1969年6月至9月，长江口科研组经对杨家湾深水潭数次现场查勘，作出科研报告，认为深水潭虽然在1968年至1969年有所发展，但整体上还是处在相对稳定状态。据此，该工程于1969年12月停止施工。
1970年，深水潭底高程为－53.2米。1974年至1981年，潭底高程在－30米上下摆动。
