本县为历代军事要地，1222年（宋嘉定十五年）设边海巡检司。1225年（宋宝庆元年），都统制吴英领兵驻守黄鱼垛寨。元朝时，朝廷调通州万户1员、千户2员、百户10员分班来崇镇守，并设崇明州捕盗司。1387年（明洪武二十年），设崇明沙守御所，有千户1员、副千户2员、百户10员、兵士1120名。1416年（明永乐十四年）设水寨，建水师，10员百户带领船只操练水战。1431年（明宣德六年），朝廷拨苏州卫军千名来崇守城，又调集卫军千名防哨水寨。1443年（明正统八年），调太仓卫指挥1员、千户2员、百户4员、兵士400名来崇驻防。1540年（明嘉靖十九年）设置南沙营。不久，又增添守城兵士490名，先锋军600名、水军1003名。1554年（明嘉靖三十三年），同知熊桴奏请再设哨船30只，屯驻三沙洪。1639年（明崇祯十二年），巡抚黄希宪设水师600名，以加强海防。1646年（清顺治三年），苏州镇总兵驻扎本县。半年后，又置崇明营，有陆兵600名、水兵200名。1653年（清顺治十年），因明总兵张名振率师来攻，清军调抚、镇二标兵共500名来崇防守。1655年（清顺治十二年），总督马鸣佩派督标副将王戎统马步兵500名驻北关，派镇标副将李必统马步兵500名驻北小港，又派广德营马步兵100名驻米行镇，浦口营兵士100名驻东关。1657年（清顺治十四年），总镇梁化凤率水师6000名分驻本县各沙。1684年（清康熙二十三年），设中、左、右、奇四营水师，共有兵士3785名，分驻各沙，水陆兼防。1843年（清道光二十三年），驻有中、左、右三营，兵士共2000名。1872年（清同治十一年），驻崇水陆制兵共有990名。1885年（清光绪十一年）有练兵440名，分五哨驻扎演武场。

驻军一览表

（1911～1949年）

部队番号	进驻时间	撤离时间	兵力	驻守地点
水陆营（巡警营）	即1911年驻守在崇明的清军	1916年	一个连
第17水警队	1915年后			崇明内、外沙主要港口
通海陆军步兵76混成旅151团3营9连	1917年	北伐战争结束	一个连	县城
新编陆军第三师	1928年初	1929年上半年	两个连	县城、堡镇
新编陆军第五师	1929年上半年	1931年	两个连	先驻堡镇，1929年9月驻县城
71军87师259团2营4连	1945年	1946年2月	一个连	城桥
别动军特务营	1945年9月	1946年初	一个营
忠义救国军特种行动总队第七大队	1945年9月	1946年初	一个大队
71军87师261团2营	1946年1月	1946年2月	一个营	县城、堡镇、排衙镇
21军145师435团2营	1946年2月	1946年5月	一个营	县城、堡镇
21军145师435团	1946年5月	1946年5月下旬	两个营	庙镇、城桥
21军145师435团1营	1946年5月末	1946年7月	一个营	县城、堡镇
21师工兵营	1946年7月	1946年9月	一个营	县城、堡镇、排衙镇
21师辎重营	1946年9月	1947年1月	一个连	县城、堡镇
21师146旅416团3营8连	1947年1月	1947年3月	一个连	城桥
青年军202师2旅4团2营5连	1947年3月	1947年4月	一个连	城桥
吴淞要塞区司令部守备总队第一大队重火器中队	1947年5月	1949年2月	一个中队	1948年前驻城桥1948年驻堡镇
青年军202师2旅29营7连	1947年6月	1947年9月	一个连	县城
青年军202师2旅5团3营9连	1947年9月初	1947年9月下旬	一个连	县城
青年军202师2旅5团2营6连	1947年10月	1948年2月	一个连	桥镇、排衙镇
吴淞要塞区守备总队第一大队	1947年12月	1949年2月	一个中队	县城、堡镇及各地要道、港口、市镇
国防部暂编第六纵队	1949年1月	1949年2月	四个团
2075部队（即202师）	1949年2月	1949年5月	一个师	城桥、堡镇、庙镇、浜镇
暂一军十一师	1949年5月	1949年6月	一个师	城桥、堡镇
中国人民解放军驻崇部队	1949年6月2日

注：1931年至1938年以及日伪时期驻军无资料。