1938年3月18日，日军侵占崇明后，在城内挨家挨户搜查，并将拘留所里的6名犯人押至城外用大刀斩首。日军在崇烧杀奸淫，无恶不作。据1938年3月22日《文汇报》报道：“崇明沦陷后，城内损失惨重，为近百年来罕有之浩劫，各处大火余焰，迄昨午仍未止熄，大通纱厂、富安纱厂、崇明中学暨各机关均遭焚毁，平民住宅暨热闹市区，则多被炮毁或焚毁，县城内疮痍满目，景象至惨，人民被杀戮者甚众，尤以光头青年被杀最惨，目下城内住户不到往常十分之一，各店门可罗雀。”

侵崇日军一次在新河镇以南就烧毁21处民宅，枪杀24名农民。1938年3月21日，日军在沈家湾公路西侧无故抓走并枪杀筑路民工秦跃渠。1938年9月，日军在小竖河外口烧毁正在装运稻草的民船11艘，在蛏壳滧先后烧毁陆士良、姜达才两宅，打死农民陆春郎、陆田福、宋灿才3人。日军在小竖河即烧毁瓦房、草房79间，打死打伤数十人。1938年秋，日军因在协隆镇天后宫庙后发现几颗子弹，就放火焚烧庙宇。南沙人包阿青被日军小队长用指挥刀砍死在奚家港口。家住八滧镇西的船户陈富荣被日军用刺刀戳死。1938年农历十月十九日，日军在永安镇北面放火烧毁房屋120多间，枪杀百姓10余名，侯明郎一家祖孙三代均被活活烧死。1940年农历六月三十日，日军率伪警共40余名，包围滧村镇游击队员樊法祥住宅，威逼群众交出樊法祥，后烧毁樊家宅8个宅子、数十间房屋，28户居民受害。日军蹂躏妇女的罪行同样令人发指，连老妇幼女也不能幸免。长兴镇一袁姓女被日军轮奸致死。协兴镇黄某妻子被日军强奸后跳河自尽。黄岸南面顾某妻刚生孩子，遭日军强奸后致疯。寿安寺附近一幼女惨遭糟蹋。妇女只好女扮男装，藏匿于农田海滨。早出夜归，受尽折磨。

竖河镇大烧杀是日军侵崇期间最残酷的一次血腥暴行。1940年7月30日晨，竖河镇正值早市，人群熙攘。日军伪警在警备队长石桥率领下，团团围住竖河镇，把200余名群众逼赶到城隍庙内，四周架起机枪，威逼群众交出抗日游击队。群众拒不作声，约10分钟后，日军小队长一声令下，日伪军立即把门外堆放的麦稭弄进庙内。日军举起枪托砸死1名3岁小孩，又一刀刺死庙里一位70多岁的老和尚。一位名叫李宝祥的青年见状忍无可忍，大叫一声“跟鬼子拼了！”挥拳将一个鬼子打翻在地，当场被敌人用刺刀刺穿腹部。他用手按住流出来的肠子，又向敌人扑去。日军下令用机枪扫射。李宝祥和大批群众倒在血泊之中，惨不忍睹。敌人又搬来干柴，用燃烧弹放火焚烧。城隍庙在竖河镇中心，敌人从庙中烧起，一路朝东，一路朝西，沿路纵火烧杀，整条街市顿成血泊火海。烧杀从上午8时持续到下午3时，120余名百姓惨死，40余人受伤，百余家大小商店商摊被毁，1400多间居民住宅全部毁于烈火。翌日，日军继续反复烧杀，一座百年老镇终成废墟。

从7月30日起，日军又在西起二条竖河、东至汲浜镇、南至公路、北至江边的方圆数十里范围内，疯狂烧杀，共烧毁大小市镇18个、民房4000余间，残杀百姓数百人。