1653年（清顺治十年）9月，明总兵张名振与邑人顾忠等，统率战船百余艘，驻泊排沙洪。9月11日进入施翘河，迎战守将吕公义。18日，张名振率战船乘晚潮直抵高桥洪，吕公义退兵入城，张率部千余登岸。半夜，张部从岸上截杀河口墩兵，并燃响号炮，引诱吕公义出城。吕在天妃宫与张部相遇，中枪身亡。把总华本德同时战死。张名振乘胜直抵城壕，包围县城。21日凌晨，张部攻打西南城，毁城墙五堞。接着又攻打西北城，遭守军炮火还击，乃退。23日，张部占据平洋沙，又分船停泊大安、山前各沙，并派船截断各渡口，使县城与外界“匝月塘报不通”。直至11月张部才退兵。
1659年（清顺治十六年）8月6日，明末名将郑成功率部自宁南退，来攻崇明。8日，郑派部将梁栋宇等至城下劝降。11日黎明，郑兵包围县城，用巨炮轰击，毁西北角城楼百余堞。接着，又填没护城河，架起云梯猛攻。郑军连续7次攻城，并在城楼与守城清军展开肉搏战，仍未攻克县城。14日，郑成功引兵南去。
