1540年（明嘉靖十九年），本县即有民兵400名，由县捕官率领，协助驻军守卫县城。1642年（明崇祯十五年），知县陆一鹏招募30艘渔船，编成渔勇营，协助海防。1646年（清顺治三年），设城守库狱民兵100名，由1名县练官统领。1874年（清同治十三年），总督李宗羲招募兵勇500名，组建海澄营，先驻演武场，后移驻堡镇。1893年（清光绪十九年），招募镇东营勇500名。

解放后，本县于1953年春建立民兵组织，其任务是积极参加社会主义革命和建设，带头完成生产和各项任务；协助公安机关维护社会治安；协助驻军担负战备值勤，守卫海陆边防；随时准备参军参战，打击侵略者。民兵分基干民兵和普通民兵两种。1958年全面整顿民兵组织，民兵总数比1953年春增长近4倍。全县设一个民兵师，下辖30个民兵团，224个民兵营。1981年调整民兵组织，普通民兵年龄为18岁至35岁，符合服兵役条件的男性公民编为普通民兵，28岁以下的复员退伍军人和经过军事训练的人员以及选定参加军事训练的人员编为基干民兵。女性公民只参加基干民兵，其比例为基干民兵的15％。民兵按大队（单位）编成连，连指导员和副指导员由大队（单位）党支部书记和团支部书记分任。乡（镇、场）编成营，营教导员和营长由乡（镇、场）党委书记和武装部长分任。1984年，全县设1个基干民兵团，下辖39个基干营、71个基干连。