遵照中共中央《关于镇压反革命活动的指示》，1950年11月起，本县开展镇压反革命运动。11月6日，各区分别召开公审大会，镇压罪大恶极的土匪、恶霸、特务、反动会道门头子和反动党团骨干分子。一年内，各区、乡先后召开各种会议500余次，与会群众20余万人次，收到检举信1100余封。一些反革命分子在党的政策感召下投案自首。至1951年8月，陈镇、新河等5个区投案自首的反革命分子有700余名。对顽固坚持反动立场的反革命分子则坚决予以法办。至1951年11月，全县共逮捕反革命分子1098名。1952年12月，本县开展民船民主改革，着重打击海上匪特、海霸及其他反革命分子。1953年12月，镇反运动基本结束。运动中先后逮捕反革命分子1414名。

1955年7月，遵照中共中央关于“全国人民团结起来，坚决、彻底、全部、干净地肃清一切暗藏的反革命分子”的指示，本县成立镇反办公室，以肃清暗藏的残余反革命分子。至1956年2月，先后逮捕反革命分子795名。1956年8月，根据“有反必肃，有错必纠”的方针，成立检查镇反领导小组，全面检查镇反政策的执行情况。

1958年8月，本县根据中共南通地委关于整顿改造“三类社”（即政治情况复杂、组织不纯、生产落后的农业合作社）决定的精神，经分析排队，定出“三类社”115个，于是以此为重点，在全县范围内开展整顿改造工作，以打击破坏农业生产合作社的地、富、反、坏分子，先后逮捕了1805人，管制了806人，其中有一部分错案。

附：国民党特务组织

国民党中央调查统计局崇明县室　1933年10月，江苏省调查统计室委派黄士华来崇，在县党部内成立调查统计室。该室直属江苏省调查统计室领导，人员与县党部分开，对外不挂牌，进行秘密工作。沦陷期间，该室组织瘫痪。1945年11月恢复。该室设专员、干事、见习助理、总务、勤务，编制18名，沈思任专员，聘请县党部书记长黄亚芗、执行委员陈稚秋等7人为顾问。县室下有5个直属小组、1个细胞组，在一、三区发展密查员和情报员。1946年5月，该室机构扩大，内设专员、秘书、干事、助理、助理干事、录事、文书、行动队、行动组（分4个小组）、组训组、情报组和警卫组，编制49名，并在4个区设19个小组，每区有1名中心组长，统率情报、调工、防奸、受训和外围工作，还建立青年俱乐部和“防奸小组”等外围组织，专事迫害革命人士的勾当。1947年，根据省室通知，建立建国通讯社崇明分社，有70余人，收集共产党党、政、军情报和撰写反共文章。1948年5月，私设牢房，关押并严刑拷打中共地下党员和进步人士。9月，因内部矛盾，专员王奇伟被吴淞要塞司令部拘捕，该室由国民党县党部接收。

崇明县戡乱建国动员委员会　1948年1月建立，县参议长金仞千任主任委员，有常委9名，委员23名，内设总务、征募、宣传和组训4个股。该会分别于1948年1月12日和3月5日发出“清剿”共产党的命令，在北沿江面巡逻，在境内侦缉中共地下党员。委员会设情报处，专事收集共产党情报。情报处由县长兼主任，各乡、镇公所设情报分处。1949年1月，建立军民合作站，取代戡乱建国动员委员会，由金仞千任站长。1949年5月10日，金仞千逃往台湾，由县长肖政之兼任站长。

中华海员特别党部调查统计室崇明站　1947年3月，上海中华海员特别党部调查统计室在本县设崇明站，闻人森任站长，下设调查员和3个小组。该站会同堡镇警察分局在海上利用船只进行谍报活动，搜捕共产党地下工作人员以及从启东来崇的共产党武装人员。该站于1948年8月撤销。

海军总司令部第四谍报组崇启站　1948年11月，国民党海军总司令部情报处为控制长江下游和东海等地区共产党的活动，设立第四谍报组，袁英杰任组长，在吴淞淞兴路335号设办公处，并在崇明、启东、吴淞、嵊泗、上海等沿海港口设立16个谍报站。崇启谍报站设在本县蟠龙镇。该站成立后，发展特务，刺探共产党军事情报，监视中共地下党员，在堡镇、二条竖河、城桥、汲浜和启东太安港等地的港口、码头、水路要道搜查来往船只，截取运往解放区的物资。1949年3月结束活动。