解放前夕，启东、海门等地一些反动分子逃亡来崇。本县解放后，县政府于6月15日发出布告，责令逃亡来崇的国民党党、政、军、特及一切流亡人员自即日起至28日前往指定地点登记，并在城桥、堡镇、新开河、陈家镇等地设5个登记站。先后登记遣返各类流亡人员6400余名。一些顽固的反动分子拒不登记，勾结本县反动势力，进行破坏活动。与此同时，大批匪特从舟山、大洋山、小洋山等尚未解放的沿海岛屿潜来本县，发展特务组织，抢劫杀人，扰乱社会治安。在梁山庙一带海面上，常有10余艘匪船停泊、骚扰。在老鼠沙、青草沙、二条竖河和海洪港等地的江面上，发生10余起抢劫案。1949年7月7日，驻堡镇人民解放军某部通讯员被特务枪杀。9月22日晚，鸿生号客轮由沪驶崇，途经石头沙附近时，遭武装匪特抢劫，军民7人被杀害。12月，特务刘佐君组织中国国民党革新社，企图暴动。

1949年11月3日，本县成立剿匪委员会，驻军组织武工队，各乡建立治安队，党政军民统一行动，开展剿匪肃特工作。1950年6月，成立海防工作委员会，沿江海45个乡定为边防海防地区，组建73个基干民兵连，设瞭望哨85处、岗哨9个，以监视海上匪特活动。全县83个港口实行封港，昼夜巡逻，检查来往船只，严防散匪出入。1949年6月至12月，共破获特务5股、海匪5股、土匪13股，捕获匪特78名，缴获枪支弹药和电台等军用物资。全县4个区分别召开群众公审大会，遵照“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的政策，判处5名首犯死刑，11名匪特徒刑。

1950年初，舟山等沿海岛屿解放后，匪特由公开或半公开的武装结伙活动转为分散隐蔽的潜伏活动。东南人民反共救国军劳工纵队第三支队匪首张廷怀等，从岱山携枪潜入本县进行破坏活动，5月14日被破获。江苏人民反共自卫救国军第三纵队崇明突击大队匪首顾清徽、朱灿林等潜回本县收罗旧部，收集枪支，企图建立地下武装，暗杀干部，破坏新政权，9月12日被公安机关捕获。是年，共破获特务7股、海匪3股、土匪6股，捕获匪特l12名，其中18名被处决，27名被判徒刑。

附：崇明县政府布告

公字第　号　　

查自本县解放以来，过去启海敌顽党政军特及一切流亡人员等，散居于城乡者为数颇多，其中有少数不良分子尚继续图谋不轨，影响地方治安。本府为巩固革命秩序、确保人民安全起见，自即日起，责成前启东伪旅崇同乡会（即逃亡分子组织），办理启海流亡人员登记，本府本中共中央既定之宽大政策，凡不继续进行破坏活动者，一律不加以逮捕，并经过登记办理手续后，发给通行证，分批遣送原籍，从事生产劳动改造。为此，凡在本县解放前，散居在崇的启海一切流亡人员，自即日起至二十八日止，自动向各指定地点，进行登记手续，并将所有枪支弹药文件等送交政府，不得隐藏，倘有故意延缓，逾期不登记者，本府以抗拒命令依法处理。仰各凛遵为要！（登记处附后）

此布！

1949年6月15日　

县长　姚志仁　

副县长　陆平