民国初期，本县内、外沙设初级审判厅各1个，委任推事1至2名，办理一般刑事、民事案件之第一审。实行四级三审制制度。1913年10月，司法由县知事兼理，设承审员l至2名，协助县知事审理刑、民案件，实行三级三审制。1940年3月，汪伪政权在本县设立法院，沿用国民党南京政府1935年颁布的刑事、民事诉讼法。法院内设立检察处。法院辖区内的县长、警察长官、宪兵队长官为法定司法警察官。法院委任推事3名（其中1名兼院长），审理第一审案件。审判制度为三级三审制。第一、二审为事实审，第三审为法律审。司法名义上独立，实际仍受行政和军方左右。1945年8月，司法重由县长兼理。1946年11月，又设崇明地方法院，直至解放。

解放初期，司法工作由人民政府兼理。1950年12月，建立县人民法院，司法与行政分开。1968年初，因受“文化大革命”干扰，公检法实行军管，1972年2月成立公检法领导小组，1974年1月恢复县人民法院。