1912年，本县设地方检察厅。1913年4月，增设初级检察厅2所，一附于地方厅内，一设于外沙（今启东县）久隆镇。同年10月撤销地方检察厅，由县知事兼理司法。1940年3月，汪伪政权设上海地方法院崇明分院检察处，5月更名崇明地方法院检察处，委任首席检察官和检察官各1名，负责对刑事案件侦查公诉，协助或担当自诉，并指挥刑事裁判的执行。1943年7月与法院分开，另设崇明地方检察署。1945年8月，县长再度兼理司法。1946年11月，复设崇明地方法院检察处，直至崇明解放。

解放初期，县人民政府兼理司法。1951年12月21日，成立县人民检察署。1952年8月，县人民检察署同县人民法院合署办公，1954年初分设。1954年9月，县人民检察署改名为县人民检察院。1968年初，因受“文化大革命”干扰，公检法实行军管，检察院无法行使职能。1972年2月，成立公检法领导小组。1978年12月，恢复县人民检察院。