本县于1911年11月5日光复，6日建立军政府，政府首脑称民政长。1913年3月，军政府改为县公署，民政长改称县知事。1927年4月改为县政府，设县长。1938年3月18日本县沦陷后，县政府设于海门县倪家镇。4月1日，伪自治会成立。1939年6月改为伪上海特别市区公署。1945年8月至9月，在中共地下党领导下，曾建立民主政权——崇明办事处。1945年9月，国民党县政府还治，直至解放。

县政府（公署）历任县长（知事）名录

职务	姓名	籍贯	任职时间
民政长	王绍曾	河北丰润	1911年11月—1913年3月
县知事	王绍曾	同上	1913年3月—1914年2月
县知事	费熙栋	湖北江陵	1914年2月—1914年7月
县知事	刘光滢	四川资阳	1914年8月—1915年9月
县知事	倪文德	浙江	1915年10月—1917年11月
县知事	赖丰熙	福建闽侯	1917年12月—1919年3月
县知事	张允高	河北丰润	1919年4月—1920年3月
代知事	沈启熙	浙江	1920年4月—1920年6月
县知事	林韶荣	福建闽侯	1920年7月—1921年8月
县知事	严翼	福建建瓯	1921年9月—1922年9月
县知事	王垚	浙江钱塘	1922年10月—1923年7月
代知事	程鹏举	安徽怀宁	1923年8月—1923年12月
县知事	吴鹏	河南固始	1924年1月—1925年2月
县知事	葛士杰	安徽泾县	1925年3月—1925年8月
县知事	仲颐	江苏吴江	1925年9月—1926年6月
县知事	姚相义	浙江临安	1926年7月—1926年10月
县知事	奚侗	安徽当涂	1926年11月—不详
县长	田良骥		1927年4月—不详
县长	郑里铎		1927年9月—不详
县长	梁自厚	江苏泰和	1927年11月—不详
县长	沈江	浙江东阳	1931年2月—不详
县长	王斌		1934年3月—不详
县长	邓必兴		1935年2月—不详
县长	顾鸿熙		1936年3月—不详
县长	陈赓尧		抗日战争期间
县长	魏湛元		抗日战争期间
县长	郑枢俊		抗日战争期间
县长	孙云达	江苏南汇	1945年8月—1946年2月
县长	陈克成		1946年2月—1946年4月
县长	郭纯一	江苏句容	1946年4月—1947年6月
县长	何汉吾	江苏江浦	1947年6月—1948年12月
县长	张宗民		1948年12月—1949年2月
县长	肖政之	湖南	1949年2月—1949年6月

日伪政权头目名录

职务	姓名	籍贯	任职时间
自治委员会会长	黄稚卿	江苏崇明	1938年4月—1939年6月
区公署署长	黄稚卿	江苏崇明	1939年6月—1943年3月
区公署署长	金观甫	江苏南京	1943年3月—1944年1月
区公署署长	刘绳武	河北深泽	1944年1月—1944年7月
县长	刘绳武	河北深泽	1944年8月—1945年8月

县政府（公署）机构设置

时期	机构名称
1912年	总务课、学务课、主计课、警务课、实业课、盐务课
1913年�