崇明三面为长江渔场，东面紧靠吕四、嵊山和舟山等渔场。海洋水产有大黄鱼、小黄鱼、带鱼、鲳鱼、鳓鱼、墨鱼、海蜇、梭子蟹等，以带鱼和鲳鱼为主，虾、蟹及小杂鱼占比重也较大。长江水产以经济鱼类为多，主要有面丈鱼、刀鱼、凤鲚（籽鱼、凤尾鱼）、毛鲚（刀鱼的幼鱼）、河鳗、鲥鱼、鮠鱼、鲈鱼、鲻鱼以及蟹、白虾、青虾、蟹苗、鳗苗等。面丈鱼历史最高年产量8500担（1961年），最低年产量300担（1978年）。刀鱼年产量2000～3000担。凤鲚资源较稳定，最高年产量17300担（1978年），最低年产量4300担（1962年）。虾类年产量5000担左右，毛鲚年产量3500～4000担，蟹苗主要供国内22个省市养殖。鳗苗主要出口日本。

岛上河沟产有鲫鱼、河蟹、河虾及其他杂鱼。