1937年8月13日，日本侵略军进攻上海。11月12日，上海沦陷。从1937年8月13日起，至1945年8月15日止，历时8年，日本侵略军在本县这块土地上，烧、杀、抢、奸，实行残酷的法西斯统治，犯下了不可饶恕的罪行。当时由于在日伪统治下，无人作系统的记载，日军在投降前夕，又肆意毁灭罪证，这里所记述的只是当时目击者的回忆和零星的档案资料，远远不能反映日军暴行的全貌，但是从中亦可见日军暴行之一斑。

1937年10月，日军飞机轰炸大团镇，大团镇小学中弹两枚，多所房屋被毁。

1937年11月（农历十月初四），日军飞机轰炸惠南镇、周浦镇。惠南镇中弹4枚，2枚落在靖海桥、十字街口，正洁点心店、荣华照相馆、万泰和酱园等房屋被毁，死8人；一枚落在惠南镇小学附近，另一枚落在东水关外，毁屋10余间，幸未伤人。周浦镇中弹两枚，炸毁房屋116间：周浦小学65间，杨洁女校35间，周浦中学1间，贾兆藩2间，仁发当3间，汪郎远6间，姚南生3间，上南交通公司车库1间。

1937年11月12日，上海沦陷，进攻上海的日军返回金山卫，路过周浦、闸港、下沙、航头、新场、惠南、黄路等地，到处大肆奸淫、劫掠、烧杀，无恶不作。仅新场、闸港、黄路3镇不完全统计：新场镇被杀13人（计有第9保居民男4人，女4人，幼童3人；第15保居民男1人，女1人），被烧房屋153间。闸港镇瞿根生、张连江、夏阿荣、汪金根、顾连桥、胡妙根、谈金炎、姚桂荣等8人被杀害，被烧房屋无法统计。黄路镇王伯祥、王小样、苏连兴、钟永官等共18人被杀害，被烧房屋7间。惠南镇更惨，据当时目睹者的回忆，日军曾在该镇留宿一夜，全镇通宵火光不时燃起，惨叫之声不绝于耳，一片恐慌悲惨境况，犹如一处人间地狱。

日军进入本县后，到处抢劫，人民财产损失巨大。据1947年国民党南汇县长徐泉在县政报告中的记述，当时本县积谷仓中实存有漕平米522550公斤，被劫一空，以当时市价每百公斤10元计，损失共达52255元。1947年据惠南航社经理王芹伯的呈报，当时惠南航社计有南安、鸿安、吉安、益安、捷安、宝安、惠安，共7艘轮船（包括拖驳在内），日军侵占本县后，除宝安轮逃出，其余6艘轮船全数被劫，总损失约合法币16492万元。

1938年1月20日（农历十二月二十日），日军某部与忠救军李志明中队在一灶路地区发生遭遇战，李志明中队逃走，下午3时，在无战事的情况下，日军分兵两路，对当地人民进行报复性袭击。西路，由一灶路出发，沿钦公塘，直插马家宅、唐家行、歇凉亭、朱店等地；东路，则由一灶路出发，经二灶泓，至四团泓，沿王公塘北上。所过之处，涉川、南两县，一路上烧杀劫掠，无所不用其极，使人民蒙受极大的损失。据第二区区长1947年战后的呈报，当时仅亭东乡王家路（今祝潘公路二号桥处）附近的1家小茶馆中被杀害的农民即有朱凤林、朱贞田、施火根、施翠根、陈茂全、顾华郎、叶阿咸、薛阿妹、沈召香、张有才、苏吉松等11人，有被肢解的，有被断首的，有被挑腹的。顾香球、祝倪氏二人幸未死，但顾双足被砍，祝双手被斩。其手段之残忍，令人发指。

1938年1月21日，日军路过义泓镇，烧毁房屋几十间，1941年2月，又烧了一次。义泓镇又名二灶泓镇，原为本县东部沿海的重要集镇之一。南北一条街全长约150米，有商店40余家，尚有轧花厂、轧米厂等数家小企业，经两次焚毁，仅剩杂货店、理发店各1家，集镇变为荒村。

1938年4月和7月，日军先后两次到陈桥镇（分属六灶乡）一带扫荡，所过之处，人民遭到极大的残害。4月份被残酷杀害的农民有乔锦华、郭来法、唐金氏（女，一家4口俱遭杀害）、唐张氏（女）、唐林英（女）、唐水金（女，三岁）、顾金生、顾蔡氏（女）、黄赵氏（女）、黄小妹（女，2岁）、黄汀楼、黄金桃、黄杏仁（女，17岁）等16人；7月份被杀害的有陈仕翘、孙阿毛、谢掌炎、乔木林、顾陆氏（女）、龚行全等6人。

1938年5月，日军飞机在下沙乡（今谈弄村3队）投弹1枚，陈生荣外甥被炸断一条腿，炸瞎一只眼睛，不治身死，陈母被弹片伤10余处，另有耕牛一头被炸死。

1938年下半年，日军为强化其法西斯统治，构筑周浦至御家桥、周浦至航头间的两段公路，全长约11公里，所需劳动力全部强行由沿线一带居民承担，被抓去服役的沿线居民上万人，遭到看押日军的恣意鞭笞，百般凌辱，不少人因伤致残，沿线拆毁大批民房和公共建筑，仅周浦杨洁女校被拆房屋20余间。

1938年8月17日，日军湖田部队进攻四团仓（今盐仓镇），进行烧杀掠夺，全镇陷于一片火海之中，南北一条街被烧房屋1000余间，大火延续3天3夜，全镇几成一片废墟。当时被日军刺杀的有叶阿冬、叶阿良等4人，被大火烧死的有祝金奎、夏桂祥等4人。

1938年农历七月十九、十月二十七和1939年春，祝桥连续被日军焚烧3次，被焚毁房屋镇内613间，镇郊665间。

1938年8月25日（农历闰七月初一），4架日机轰炸惠南镇，投弹9枚，多处房屋被毁，炸死居民10余人，居民外逃出城时，又遭日机俯冲扫射，死唐周氏（女）、马周氏（女，家住南门）、张老五（住东门大街）等3人，伤多人。

1938年12月16日，日军1000多人到泥城一带扫荡，一路烧杀抢掠，烧毁房屋数百间，围攻抗日武装南汇县保卫团第二中队，保卫团第二中队28人中弹身亡，战斗结束后，日军还惨无人道地在每个尸体上补戳两刀。

1938年12月21日，驻祝桥日军湖田、乐袋部东出扫荡，大沙乡王公塘附近农民沈坤楼、毛阿昌、沈阿南、施西交、沈阿坤、沈阿江、徐氏等7人被杀害，被打致伤致残的人数很多。

1939年6月（农历五月十八日），日军飞机轰炸惠南镇，羊肉弄一带中弹2枚，炸毁房屋多间，炸伤居民多人，其中周连生伤重身亡。

1939年10月日军进驻大团镇，在下塘街设中队部（老百姓统称司令部），拆毁附近房屋98间，焚毁房屋3间，大批人民因此流离失所。

1940年3月，日军进驻惠南镇后，将其驻地（注：今人武部址）四周房屋全部拆毁，计有机关用房580间（包括县衙署、警察局、积谷仓、明伦堂等在内），学校用房约300间（包括惠南小学、南汇书院等处），医院用房约50间（包括南汇县公立医院在内），民房约700余间，大批群众被捕。

2月12日，本县潘泓村渔民张林根、张炎林、桂福生、陈海生、桂鉴生、陈秋根、陈金福、陈金桃、陆毛囡、倪炳祥、倪阿三、倪阿大、桂根、陆银海等26人，迫于生活，驾两艘小船在近滩捕鱼，被日军汽艇捕去。日军不问情由，竟将这26人手指脚趾全部砍去，并用铁钉将他们钉在船板上，浇上汽油，一面燃烧，一面将船推入海中，随风漂浮。惨呼之声，传闻数里，惨绝人寰。这一天，至今仍是潘泓村人民的祭日。

1941年3月25日，日军集中2000多兵力“大扫荡”，沿途烧杀抢掠，无恶不作，游击队朱君务等6人被俘，日军迫使朱君务等投降，遭到拒绝，日军将朱君务等6人一刀一刀活活砍死。

1942年春天，日军到盐仓叶家石桥等地扫荡，将叶家石桥的村民集中起来，迫使群众交出游击队，叶序镛的妻子拒不开口，被日军当众割去乳房，然后一刀一刀砍死。

1942年5月，驻新场镇的日军因夜里遭袭击，于第二天将镇内男性成年居民700余人全部关押进司令部（原王家花园），进行逐个审讯，被关押时间长达3天2夜，不少人因受刑致残。

1942年8月，周浦镇出现抗日标语，驻镇日军将全镇成年男子600人集中关押在周浦中学校园内，进行搜身盘问，任意拷打和凌辱，关押一天，因无所获释放。

1943年8月1日，日军驾一小船运送给养由新场至三灶，途经众福桥港时，遭抗日游击队伏击。下午4时，日军驻新场司令部获知消息后，即派遣部队，将坦直乡四保（今祝桥村）蔡家桥围住，逮捕蔡长才、蔡火根、王水根、蔡才根、宋木火、宋炎金、蔡火生、蔡才良、蔡顺根、周友林和保长蔡金如等进行拷打盘问，王水根遍体鳞伤，全身血肉模糊，蔡火根数次昏厥，这些人被日军整整地折磨了一个星期，但终无所获。8月12日，日军再次出兵包围第四保（今祝桥村五、六、七队），将全保男女老幼273人全部关进附近的天主堂内，进行刑讯盘问，关押时间长达35天。在这段时间内，人民备受凌辱，田园荒芜，饥寒交迫，一片惨状，被拷打致死的1人，被奸淫致死的1人，初生婴儿被折磨致死的1人。

日军占领本县期间，为进一步加强对上海地区的封锁，掠夺当地物资，于1941年修筑竹篱笆，划定封锁线。竹篱笆东由川沙县沿海起，沿黄浦江走向，西行经本县入奉贤县境。日军为修筑这条封锁线，强征了大批劳动力，将本县所有竹园砍光。竹篱笆修成后，日军在沿线共设立10余个检问所，规定凡一切过往人员和物资都必须在此通过，接受检查，其他各处一律不准通过，违者格杀不论。据当地人的回忆，当时检问所借检查为名，对过往群众肆意进行抢劫和凌辱，稍不顺意即遭拘捕、拷打和施刑，经常有被杀的人头和尸体挂在篱笆上“示众”，真是惨不忍睹。

日军侵入后，视本县人民为亡国奴，肆意凌辱虐杀。如惠南镇商民季雨堂，男，40岁，1939年8月正在东门外吊桥东首行商途中，由于疏忽了对路过日军行礼致敬，竟被活活刺死。惠南镇东门外三义庙北约里许，老护塘畔，刘龙生之父被日军抓去引路，刘父年老行走不便，即遭虐杀，祖遗瓦屋和草屋各3间均被焚毁。新场乡二十保三甲七户居民张明生之父，1939年农历二月初九上午，日军进村时，因年老体衰，未及逃离，坐在家中，亦遭日军杀害。1938年5月10日，周浦西苏家桥居民，老年妇女徐月英以“与游击队有联系”遭逮捕，备受酷刑，住宅被焚。在日军占领时期，这样的惨事到处都有，举不胜举。

在日军占领时期，周浦、新场、惠南、大团和祝桥5镇都驻有日军中队部，中队部内都设有监狱，备有各色刑具，是杀害中国人民的屠场，很多爱国志士和人民在这里被杀，而且都毁尸灭迹，详情无法知道。解放后，人们在这些旧址上奠基造房，多次挖出人骨。据幸存的范秋圃（瓦屑镇人）、火正芳（百曲乡人）、谈连三、蔡明良、朱鉴生、刘文涛的回忆，当时凡进监的人都要受刑，吊打、压杠、灌辣椒水、火烙、剥指甲、断手指、脚趾等，侥幸不死也致残。上述几人中，除朱鉴生负伤较轻外，其他6人都已受重伤致残，出狱不久就死去了。1941年春天被日军关押进惠南监狱的谈连三出狱后，讲起在监狱中看到的情况：“我被送进东洋监牢，关在一间小房里。当时，牢房里已挤满了人，以后陆续又来了几批，一间小牢房竟关了120多人，挤得大家只能背贴背地站着，无法动弹。屋小人多热气大，不多时，大家都已热得汗流如注，浑身衣服湿透。挨到傍晚，每个人又热、又渴、又饿、又累，都只能喊救命。半夜光景，几个日本兵来开门，要大家跪到房前的荒地上。之后，几个人一批被叫去受审。东门外开小茶馆的刘柏生被错指为连拍生而被捕，吃了很多苦头，最后虽然被弄清了，但是还是被日军趁机敲了一记竹杠才放走。东门义生兰酱园店经理许土铭，店伙陈亚陶和朱鉴生当时也被关在里面。审讯时，朱鉴生肚里被灌满了冷水，然后日本兵用脚踩在他的肚子上，踩过后，又把他倒放在一部扶梯上，用火烧他的脚根，烧烂为止。当时我还看到有些人被硬木柴打得满脸青肿，有些人的头被系在竹竿尖上倒插在小河里。东门木行老板刘文涛就曾受过吊打、灌水、倒栽葱（头倒竖在水中）等刑罚，放出后不久死去。那时候，每批被审讯的人中，总有几个人回不来。我当时被关8天，吃了很多苦头，最后家里人出了一笔巨款，才算放释。”老港镇上开南货店的老板陈祖元被捉去后，家里人倾家荡产凑满3000元交去，只换回一具遍体鳞伤的尸体。又据惠南镇居民杨冬福的回忆，他说，有一次偶然的机会，他曾亲眼看到有20多人，被日军从司令部里拉到东北城脚，有的被杀后埋掉，有的就干脆被活埋。

本县人民富有爱国主义的革命精神，在日军占领期间，本县人民从未停止反抗和斗争，在中共浦东工委领导下，组建抗日游击队，和日伪军进行顽强的斗争，大小战斗数百次，歼灭日伪军数千名。