清代以前，流行于本县的宗教主要有佛教和道教两种，清康熙年间，天主教传入；清光绪年间，基督教传入，自此，本县境内有佛教、道教、天主教和基督教4种宗教。

佛教和道教在本县历史悠久，早在宋、元年间，本县已有永定讲寺、鹤坡道院等寺观30余处。至明末清初，本县寺观数以百计。鸦片战争以后，战乱连年，很多寺观为军队所占，受到严重的破坏。日军侵占南汇后，很多寺观被焚毁。基督教和天主教由于属外国教会势力范围，在半殖民地的中国具有一定的特权，故在日军占领期间，虽然因英、美、法教会势力撤走，但破坏程度较佛、道教寺观轻得多。据解放初期统计：本县境内尚存寺观228座，但多数名存实亡，寺观毁坏不堪，且有寺观而无僧道，名副其实的寺观仅10多座；天主堂29座，基督教堂16座（包括以后划给川沙县、上海县的数字在内），基本完好无损。

解放后，中共南汇县委和县人民政府贯彻执行党的宗教政策，1955年于县人民委员会下设宗教事务科，管理县境内的宗教事务，正常的宗教活动得到保护。“文化大革命”期间，宗教活动被禁止，寺庙、教堂遭到不同程度破坏。1980年后逐步得到恢复。1981年11月，县基督教三自爱国会筹备委员会建立。1983年4月，县天主教爱国会筹备委员会建立。之后，县道教协会筹备委员会、县佛教协会筹备委员会相继建立，部分寺庙、教堂得到修复，正常的宗教活动得到保障。