1726年（清雍正四年），南汇建县，行政机构称“县衙”，隶于松江府。辛亥革命后，改“县衙”为“县政府”，行政长官先称“民政长”，后改“县知事”，再改为“县长”，隶于江苏省政府。1938年，日军占领南汇，建立伪政权，先后隶属于伪上海市行政督办公署和伪上海特别市政府。抗日战争胜利后，国民党接管南汇县政权，隶属于江苏省政府。解放后，建立县人民政府。1955年改“人民政府”为“人民委员会”。“文化大革命”期间，称“革命委员会”。1981年，恢复“人民政府”名称。1949～1958年期间先后隶属于松江专员公署、苏州专员公署。1958年11月起，划归上海市政府领导。