本县位于黄浦江东岸，东海之滨，是长江三角洲冲积平原的一个组成部分。
据考古资料表明，1300年前，这里还是一片汪洋。由于长江水夹带泥沙沿海岸线南下，在和钱塘江水汇合时沉积下来，逐渐形成陆地。成陆最早的地方是周浦、下沙、航头一带。据《新唐书》记载，有一条古捍海塘由宝山的盛桥、月浦经川沙的北蔡，进入本县的周浦、下沙一线。这条古捍海塘重筑于713年（唐开元元年）。据此可以推断：这一带地方成陆当在唐之前。之后，陆地不断向东南延伸，经历1200余年，遂有今天的南汇。
本县境内地势平坦,西部略低，中部略高，东部又略低。全境无山，均为冲积平原。自西北而东南，土质分别有潮泥土、黄泥土、半黄泥土、沙土、黄泥夹沙土、滨海盐土，其中以黄泥土为主要土壤型。
本县地处北纬30°53′－31°09′,东经121°35′－121°51′，在北亚热带南缘，属东亚季风盛行地区，受冷暖空气交替影响，四季分明，冬夏长，春秋短。根据本县气象站1959年到1981年的气象资料，本县全年最冷时期为1月份，平均气温为3.2℃，最热时期是7月中旬到8月中旬，平均气温为27.4℃。全年平均气温为15.5℃,年平均无霜期为224天，年平均降雨量为1061.9毫米。气候温润有利于农作物的生长，但夏旱，夏秋间台风及初春、秋末的低温霜冻，则对作物生长发育有所危害。
本县由西向东呈犁形，东南部突出于东海中，海岸线长达45公里，滩涂资源丰富，是本县之优势。
