1993年起，境内有13所科研机构和8个科技团体迁出黄浦区。迁出的科研机构有航天部第八研究院、中国船舶及海洋工程设计研究院（即中国船舶工业总公司第七研究院第708研究所）、上海建筑设计研究院、上海市政工程设计研究院、上海机电设计研究院、上海冶金设计研究院、上海水利工程设计研究院、上海二轻建筑设计院、上海化工设计院、上海血液中心、上海电影照相工业研究所、上海市劳动卫生职业病防治研究所、上海环境卫生设计科研所；隶属上海市科学技术协会（以下称市科协）迁出的科技团体有上海城市科学研究会、上海地质学会、上海水产学会、上海食品学会、上海系统工程学会、上海机械学会、上海图书馆学会、上海茶叶学会。

一些技术开发类科研机构，通过科技体制改革走向市场，实行企业化管理，取得新的发展。1999年上海科技京城管理委员会成立，制订优惠政策，吸引上海集成电路设计中心、上海技术产权交易所、上海移动通信有限公司等一批科技开发机构、科技服务机构和科技企业落户。

境内市科协所属团体有上海市宇航学会、上海市塑料工程技术学会、上海市体育科学学会（以上团体1993年以前就在境内）、上海市土木工程学会、上海市交通工程学会等。按照1998年颁布的《中华人民共和国社团登记管理条例》，科学技术协会（以下称区科协）属非法人团体，2000年初改制为法人团体。