开埠前的南市老城厢除了县衙通向码头的“管道”外(今大东门处)余皆支巷小街,狭弯短曲。清咸丰年间,南市(上海县城内)日常街巷的清洁、扫除垃圾等始由同仁辅元堂雇人作业。

    清同治元年(1862年),县署创办清道局,光绪十三年(1887年)移址太平衙盘香弄内,后归保甲总巡兼办,并交同仁辅元堂具体经办,继以店辅居户清道月捐济用。光绪二十一年起,南市马路工程善后局承办清道月捐并作业。

    光绪三十一年,上海城厢内外总工程局下设户政、警政管辖、工程三科,环境卫生管理隶属警政管辖。民国初期,南市辟建马路100多条,仿照租界颁发了一系列条令,包括规定市民倒垃圾的时间、办理清洁捐、违章罚款交执收据、监察督导等。民国5年(1916年),清道等事宜仍由警署承办,民国16年起由卫生局负责。民国30年抗战时期,敌伪政权在南市区设卫生事务所,其第二课职责之一为监督管理环境卫生、承办招投标和征收清洁捐等。民国35年抗战胜利后,市卫生局于5月分设邑庙区卫生事务所和蓬莱区卫生事务所,同年成立上海市卫生清洁所和上海市清洁总队。南市为清洁总队第七中队清道区域。1949年6月,上述机构为人民政府接管。

    1950年7月,市第一清洁管理站建立,辖关桥、新开河、南码头等码头及清洁工人,设邑庙、蓬莱两段,段下建班。市清洁总队的第七中队下设邑庙分队和蓬莱分队并建班。1957年,市卫生局成立上海市清洁管理所,同年3月,清洁邑庙段和七中队邑庙分队合并、清洁蓬莱段和七中队蓬莱分队合并。成立邑庙区清管站和蓬莱区清管站。至此,环境卫生的管理和业务工作统一于市清洁所及区清管站。

    1960年初,邑庙与蓬莱两区清管站合并,建立南市区清洁管理站,站部设业务、总务、人事三组,共1411人。浦西地区按街道设班14个,浦东塘桥地区设班1个。清厕工人由区站直接领导,清洁(马桶车收集)、清道、清运(垃圾集散)工作统一于每个班。班上设片,浦西管理划为三片,以码头为中心:新开河码头为北片,关桥码头为中片,南码头为南片。1963年3月,浦东周家渡街道清洁所划归南市清管站领导。

    1963年上海市环境卫生局成立,领导区清管站。1972年,站下设基层行政单位6个:南码头分站、关桥码头分站、新开河码头分站、浦东分站、修配工场、机动车队。1979年8月南市区清洁管理站易名为南市区环境卫生管理所,所属基层相应改称分所。1984年1月,南市区环卫所改设7个基层单位,职工2047人。

    1986年初,随着市政管理体制改革,市环卫局对区环卫所的事权下放区政府。1986年10月建立南市区环境卫生监察中队。1988年5月南市区环卫所党总支升为党委。

    1989年2月,区政府决定,按街道区域设街道环卫所共15个。各个街道环卫所分别管理本街道清道、清洁(倒桶站)、清厕(厕所)工作,原川沙县杨思镇环境卫生清洁所移交南市区环卫所领导。1990年起,街道环卫所由区政府街道办事处实行全面领导。同年7月,南市区环境卫生管理局成立。

    1991年,区环卫局进一步完善三级管理、两级作业的管理体制,撤回分驻各街道环卫所的作业队伍,建立第一至第五作业所(浦西3个、浦东2个),加上浦西、浦东环卫汽车队,其7个作业单位与市环卫局陆上、水上运输构成两级作业,同时下达15个街道(镇)环卫管理所承担地区环卫协调管理、监察等任务,与市环卫局、区环卫局构成三级管理网络。区环卫系统1992年职工总人数2087人。