1955年原邑庙区、蓬莱区分别建立防汛指挥部或防汛办公室。1960年两区合并为南市区后,成立南市区防汛指挥部,下设办公室。街道相应设立防汛机构,名称不一。“文化大革命”期间,区防汛指挥部改为防汛、防台、防震领导小组。1980年恢复区防汛指挥部及其所属办公室至今。由1名副区长兼任指挥,有关委、办、局负责人为指挥部成员。办公室配备专职干部,先后隶属区城市建设办公室、建设管理局。1987年街道(镇)设立防汛指挥部,由街道(镇)分管主任(镇长)担任指挥,有关科室、所、医院、工厂负责人为指挥部成员。

    区防汛指挥部统一领导全区的防汛工作。贯彻执行上级防汛指令,制定各项防汛安全措施以及应急方案,根据“以防为主,常备不懈,科学调度,积极抢险”的方针,每年汛前和汛期对全区防汛工作进行全面部署和检查。境内各工厂和企事业单位,服从区和所在街道(镇)防汛指挥部统一指挥和督促检查。

    为保障防汛指挥通讯联络顺畅,区防汛办配备与人防联机的有线通讯网和专用的450兆赫无线电通讯网,各级防汛指挥机构可直接沟通。区防汛办和部分街道、大型工厂、客运总站等装有气象警报器,汛期可直接收听市防汛办每日4次预报和紧急预报。