1985年初,境内逐步在各企事业主管部门和大中型企事业单位建立内部审计机构或配备内审人员。至1992年初,境内工业、商业、行政事业三大系统共设审计科(股、组)38个,内审人员97人,其中专职人员43人。内审机构或人员对下属单位的财务收支及其经济效益进行内部审计监督。通过内部审计,纠正了误差,促进了增收节支。区教育局南市教育工业管理部和南市区集管局分别在1989年度和1990年度被评为上海市内审工作先进集体。

    区集管局建立审计科后,根据企业上等级、会计达标要求,除审核各项经济指标和财务核算外,还对下属公司本部奖金提取、发放情况进行后续审计,对基建工程决算和基本建设技术改造项目进行开工前审计。1989年对某厂无超提奖金情况进行审计时,审出应收款和物资盘亏等滞呆帐款达35万元,财产损失32万元,共计损失67万元的严重损失浪费情况,写出通报,督促检查纠正。

    区教育工业管理部成立审计室后,开展经济效益审计,法纪审计、厂长经理离任审计、集团控购物品审计、歇业审计、联营企业财务审计、财产移交审计以及经营范围、物价政策、咨询、财务税收大检查等。1987～1988年间对8个单位进行审计,发现5个单位有10个违反财经纪律问题,金额达40万多元,通过内审追回货款近12万元,查清盘亏盘盈损失净额15万多元。

    区审计局为做好内部审计的组织指导工作,开展业务培训、专题交流、联合审计、以审带教等形式,还从1990年起,指派区审计局审计人员进驻重点部门,直接对内部审计业务进行指导,并在部门负责人领导下,开展内部审计工作,作为探索内审工作开创新路子的一种新尝试。