1960年1月,南市公安分局成立,局址在原蓬莱分局。分局设政保、经保、文保、刑侦、预审、治安、户籍、行政8科和办公室、政治处、交通队。下辖文庙路、唐家湾、斜桥、保安路、陈家桥、董家渡、蓬莱路、巡道街、王家码头、小东门、城隍庙、广福寺、露香园、小北门14个派出所。同年8月,巡道街、保安路随街道易名金坛路、半淞园路派出所。10月撤销蓬莱路、广福寺派出所。12月浦东县公安局所属周家渡、塘桥两派出所划归南市分局。1962年经保、文保两科合并为保卫科。1964年3月城隍庙、文庙路派出所改称豫园、蓬莱路派出所。同年4月,增设消防科。

    1967年1月,“造反派”夺了分局领导权,分局机关瘫痪。1968年1月25日,中国人民解放军上海市公、检、法军事管制委员会派出南市公、检、法军管组对南市公安分局、南市区检察院、南市区人民法院实行军管,分局下属部门派驻军代表。同年7月,公、检、法三家合署办公,“选派”54人组成政保、治安、审理、办事4组,应付日常工作。嗣后又增设政工组、后勤组。8月1日,留各组与派出所搞业务的少数人为“小班子”；其余为“大班子”,集中进行“清理阶级队伍”与“一打三反”(打击现行反革命破坏活动,反对贪污盗窃、反对投机倒把、反对铺张浪费)运动。12月塘桥派出所并入周家渡派出所。1970年12月设隧道保卫组。1971年11月结束军管,中共南市区委联络组进驻公、检、法。1972年3月,设南市公、检、法领导小组。同年9月恢复塘桥派出所；10月,政保组分为政保、经文保组,治保组分为治保、户政组,审理组分为审理、预审组。1974年1月,公安与检察、法院分开,并成立中共南市公安分局委员会领导全局工作。

    1976年10月粉碎江青反革命集团后,各单位设支部书记与行政负责人。1977年12月设顾问。1979年1月恢复消防科,5月设复查办公室。同年9月,任命党组书记和正副分局长。1980年6月,任命正副科长、所长。1987年4月,增设上钢新村、南码头两派出所。1988年6月,斜桥、王家码头派出所随区政府街道办事处撤销而撤销;8月设监察科,成立上海市保安服务公司南市分公司；12月设杨思派出所。1989年1月,由治安科治安队改建成立巡警队。同年9月增设法制科。1991年7月,巡警队改称特警队；9月设南浦大桥交通分队；11月设南浦大桥治安派出所。1992年6月,交通队改为交通警察大队。1992年底,南市分局下设15个地区派出所和2个治安派出所。