一、邑庙、蓬莱两区接管委员会(1949年5月～1950年6月)

    各设秘书室、民政股、户政股、文教股。蓬莱区并设调解股。1949年5月区接管委员会成立时,两区分别成立区公安分局。

    二、邑庙、蓬莱两区人民政府和人民委员会(1950年6月～1959年12月)

    各设秘书室(后改称办公室)、人事科、民政科、调解科(后撤销)、宗教事务科、文化科(后撤科建局)、文教科(后改教育科,再后撤科建局)、卫生科(后撤科建局)、商业科(后分设商业科、服务科，后又改为第一、第二商业局,蓬莱区又将第一、第二商业局合并为商业局)、工商行政管理科、财政科(后撤销,业务并入区税务局、税务分局)、工商科(后并入商业科)、工业科、建设科(后撤科建局)、财政经济委员会(后撤销)、统计科(后撤销)、手工业管理科(后撤销)、粮食科(后并入粮油区店,再后转为粮食局)、私营商业改造办公室、体育运动委员会、爱国卫生运动委员会、计划生育办公室、公安分局。

    三、南市区人民委员会(1959年12月～1966年12月)

    设办公室、人事科、民政科、公安分局、教育局、卫生科(后撤科建局)、文化局、宗教民族华侨事务科、劳动科(后撤科建局)、工商行政管理科(后并入商业一局,再后又恢复)、财政科、商业一、二局(后合并为商业局,再后改建为财贸办公室)、工业科(后撤销)、建设局(后撤局为科)、交通运输科(后撤科为局,再撤局为科)、手工业局(后改名为工业局)、档案馆、人民防空办公室、体育运动委员会、粮食局、房地产管理局、爱国卫生运动委员会、计划生育办公室、地区办公室。

    四、南市区革命委员会(“文化大革命”期间)

    设办公室(后称办事组)、政工组(后分为组织组和政宣组)、工交财贸组(后分为工交组和财贸组)、地区组、劳动工资组(后并入地区组)、材料组、清档小组(后与材料组合并成“专案”办公室)、群运组、“五七”干校、毕业生工作小组(后改名为上山下乡办公室,知识青年上山下乡办公室)、人民防空办公室、税务分局革命委员会(后与人民银行合并称财政局革命委员会)、手工业局革命委员会、粮食局革命委员会、工商行政管理革命委员会(后改为工商行政管理办公室)、体委革命委员会(后重建体育运动委员会)、公检法军管组(后公、检、法仍分开,恢复公安局和法院。

      五、南市区人民政府(其中4年沿用区革命委员会名称)(1976年10月～1992年)  设办公室、人事科(后撤科建局)、编制委员会、民政组(后恢复民政科,再后撤科建局)、文化科(后撤科建局)、教育局、卫生局、劳动局、外事办公室、侨务办公室、民族宗教事务科(后撤科建局,再后仍恢复为宗教民族事务办公室)、计划经济委员会、对外经济贸易委员会、财贸办公室、司法科(筹)(后建司法局)、监察局、审计局、物价科(后撤科建局)、工商行政办公室(后改建为工商行政管理局)、财政局、税务分局、城市建设办公室、市政建设委员会、建设委员会、建设局、规划土地管理局、环境保护管理局、环境卫生管理局、房产管理局、住宅建设办公室(后从政府系列划出)、手工业局(后撤销,建立集体事业管理局)、粮食局、人民防空办公室、科学技术委员会、档案局、体育运动委员会、侨务办公室、台湾事务办公室、计划生育委员会、残疾人联合会、公安分局。

此外,地区办公室、外事办公室、法制办公室与区府办公室合署办公,后地区办公室撤销。国有资产管理局与财政局合署办公。抗震委员会办公室与人民防空办公室合署办公。爱国卫生运动委员会、红十字会与卫生局合署办公。另设有各种委员会和领导小组等临时性、协调性机构56个。