1956年前,农工党在南市区未建立组织,有关活动在农工党市委直接领导下进行。民国37年(1948年)元旦,农工党员王振川(原龙门路永川医院负责人,解放后任南市浦江医院副院长)受组织委托,在永川医院接待并掩护民革中央负责人王葆真,支持王葆真等开展推翻国民党反动统治的地下斗争。农工党上海市委负责人申葆文(解放后任市公用事业局副局长)、胡淼年(解放后在农工党上海市委机关任职)等在上海解放前夕,居住及秘密活动地点在南市蓬莱路等处,并与国民党蓬莱路警察分局交涉营救被拘禁的爱国人士等。

    1956年9月,农工党上海市委指派陆瘦燕、徐亚倩分别建立邑庙、蓬莱两区农工党区级组织并担任负责人。至1959年7月,两区分别召开农工党第一次党员大会,选举产生邑庙、蓬莱两区农工党第一届委员会,邑庙区农工党主任委员陆瘦燕,副主任委员吴邦藩;蓬莱区农工党主任委员王正公,副主任委员施丕基。1960年邑庙、蓬莱两区合并,农工党南市区第二届委员会于1961年5月成立,主任委员陆瘦燕,副主任委员王正公、施丕基。1965年7月,农工党召开第三次党员大会,选举产生农工党第三届南市区委员会。当时,原主任委员陆瘦燕已调离南市区,经选举产生,王正公为主任委员,施丕基为副主任委员。一年后,因“文化大革命”,农工党活动被迫停止。“文化大革命”结束后,农工党于1979年着手酝酿筹备召开南市区第四次党员大会事宜。1980年9月,农工党举行南市区第四次党员大会,选举产生农工党南市区第四届委员会,王正公任主任委员,施丕基任副主任委员。1984年10月,农工党举行南市区第五次党员代表大会,根据新形势的需要,考虑到部分领导成员年事已高,充实新生力量,经选举产生农工党南市区第五届委员会,主任委员李根渊,副主任委员施丕基、陆陈生。1987年12月召开农工党南市区第六次代表大会,换届改选后,农工党南市区第六届委员会主任委员李根渊,副主任委员施丕基、汤仁高、陆陈生、徐兴诚(1990年2月增补)。1990年2月,农工党南市区第七次代表大会召开,进行换届改选,第七届委员会主任委员李根渊,副主任委员：徐兴诚、施丕基、汤任高、王彝伟(1991年增补)。

    1960年初,南市区农工党成员61人,建立5个支部。1979年区农工党组织恢复活动时,实有成员38人,共建立4个支部。至1992年末,区农工党成员共有164人。其中,在职的89人,具有中高级以上职称的143人,建立6个独立支部和4个联合支部。