上海解放前夕,南市设中共邑庙、蓬莱分区委,党员149人。

    解放后,1949年8月,建立中共沪南区委,管辖邑庙、蓬莱两个行政区。全区设基层党委2个,总支1个,支部32个,有党员338名。1950年6月,中共沪南区委撤销,按行政区成立邑庙区委和蓬莱区委。邑庙区委有14个党支部,138名党员；蓬莱区委有21个党支部,197名党员。

    1952年10月,邑庙、蓬莱两区委进行整党建党,发展了189名党员。到1954年底,两区委共有党支部245个。其中1954年新建支部160个(邑庙区委40个,蓬莱区委120个)。

    1956年1月,两区委抓紧对公私合营后无党员单位的新党员发展工作,在一批具备条件的合营企业中建立党的基层组织。邑庙区委在工业中以中心厂为单位建立73个联合党支部;商业以区店为中心建立29个党支部;手工业中建立15个支部；学校支部调整为14个。同年4月,邑庙区内的洽茂冷藏厂、市十医院等24个企事业单位的党组织划归邑庙区委领导,转入党员169名；蓬莱区内有三友实业社、市二医院等17个企事业单位的党组织划归蓬莱区委领导,转入党员275人。年底两区委共有党的基层组织668个(党委2个、总支23个、支部643个),党员8677人。

    1959年12月,邑庙区和蓬莱区合并,建立中共南市区委。这时党的基层组织共774个。其中党委5个,总支81个,支部668个。

    1964年4月,市属工厂党组织划归市各工业局党委领导。1965年底,全区基层有党委19个,总支26个,支部479个,党员4368人。

    1967年1月,全区党组织停止活动。1969年11月,成立南市区党的核心小组。1970年,通过“整党建党”,在全区120个区属单位中恢复和“重建”党的组织101个,下属基层建立党支部408个。1971年5月,中共南市区第二次代表大会召开,选举产生由19名委员组成的区委会。1976年底,全区设基层党委22个、党总支16个、支部747个,有党员8731人。

    中共十一届三中全会后,1979年2月～1991年9月,对教育、卫生、文化、城建等8个局和14个街道的党组织先后进行调整,有19个单位撤销党委建立党的工作委员会。在国家机关和群众团体中建立党组23个；区财贸系统的百货、物利、服务、服装等7个公司党总支改建为党委。

    1984年3月,新组建塘桥街道党委。同年4月,成立中共南市区机关委员会。

    1986年8月,建立上钢新村和南码头街道党委。1988年6月,撤销斜桥、王家码头两个街道党委。同年12月,上海市委决定将川沙县杨思镇党委及所属10个党支部,216名党员,划归南市区委。年底,全区共有14个街道党委和1个镇党委。

    1993年1月,浦东新区成立,南市区所属浦东的上钢、周家渡、南码头、塘桥四个街道和杨思镇,以及教育、卫生、文化等一批事业单位的党组织和3890名党员一并移交浦东新区党委。

    80年代以来,在开展创建先进党支部和争当优秀党员教育活动中,区委组织全区各级党组织和党员投入“创先争优”活动。1986年7月,南市汽车队、区医药公司、教育学院、小东门街道聚奎居委等5个党支部,被评为先进党支部。1991年7月,区委授予大同中学、露香园路地段医院、十六铺码头工商检查站等15个支部“先进党支部”称号。