管理实行董事会领导下的总经理负责制。董事会由股东大会选举组成，董事会主席为公司最高决策人。董事会对外代表公司签订、核准各种契约，审核年终决算，决定红利分配，任免经理等高级雇员，除重大事件外，一般不干预行政事务。总经理为企业行政领导人，由董事会任免。总经理下设人事、秘书、行政、财务、技术等处室。技术处辖自来水、电力、机务、车务等部门。机务部管理给水、供电、轨线科、保养车间；车务部专管交通营业。

管理结构为经理、部门负责人和办事员三级制。经理与部门主管，只设正职和助理一二人，机构人员高度稳定，内部分工各司其职。用人制度推行种族歧视，法国人为高级管理人员，葡萄牙人与白俄人为主的外籍人为辅助管理人员，中国人为实际办事职工。行政和技术上主要职务均为法国人。